#биоинформатика — Public Fediverse posts

Фолдинг белка на ноутбуке. De novo дизайн KRAS G12D (Switch II) ингибитора. Докинг, валидация в AlfaFold Server и PyMOL

Здравствуй, Хабр! Разработка ингибиторов мутантного онкобелка KRAS ( особенно формы G12D)- одна из главных задач современной онкофармакологии. Используя наш проприетарный матаппарат мы рассчитали несколько секвенсов под целевой карман мишени. Мы оперировали секвенсами от 7 до 21 остатка на мишенях длиной от 102 до 188 остатков, полученные при докинге результаты ipTM в AlfaFold Server варьировались от 0.58 до 0.92.

https://habr.com/ru/articles/1037570/

#биоинформатика #биотехнологии #разработка_лекарств #алгоритмы #фармацевтика

Фолдинг белка на ноутбуке. De novo дизайн KRAS G12D (Switch II) ингибитора. Докинг, валидация в AlfaFold Server и PyMOL

Здравствуй, Хабр! Разработка ингибиторов мутантного онкобелка KRAS ( особенно формы G12D)- одна из главных задач современной онкофармакологии. Используя наш проприетарный матаппарат мы рассчитали несколько секвенсов под целевой карман мишени. Мы оперировали секвенсами от 7 до 21 остатка на мишенях длиной от 102 до 188 остатков, полученные при докинге результаты ipTM в AlfaFold Server варьировались от 0.58 до 0.92.

https://habr.com/ru/articles/1037570/

#биоинформатика #биотехнологии #разработка_лекарств #алгоритмы #фармацевтика

Фолдинг белка на ноутбуке. De novo дизайн KRAS G12D (Switch II) ингибитора. Докинг, валидация в AlfaFold Server и PyMOL

Здравствуй, Хабр! Разработка ингибиторов мутантного онкобелка KRAS ( особенно формы G12D)- одна из главных задач современной онкофармакологии. Используя наш проприетарный матаппарат мы рассчитали несколько секвенсов под целевой карман мишени. Мы оперировали секвенсами от 7 до 21 остатка на мишенях длиной от 102 до 188 остатков, полученные при докинге результаты ipTM в AlfaFold Server варьировались от 0.58 до 0.92.

https://habr.com/ru/articles/1037570/

#биоинформатика #биотехнологии #разработка_лекарств #алгоритмы #фармацевтика

Фолдинг белка на ноутбуке. De novo дизайн KRAS G12D (Switch II) ингибитора. Докинг, валидация в AlfaFold Server и PyMOL

Здравствуй, Хабр! Разработка ингибиторов мутантного онкобелка KRAS ( особенно формы G12D)- одна из главных задач современной онкофармакологии. Используя наш проприетарный матаппарат мы рассчитали несколько секвенсов под целевой карман мишени. Мы оперировали секвенсами от 7 до 21 остатка на мишенях длиной от 102 до 188 остатков, полученные при докинге результаты ipTM в AlfaFold Server варьировались от 0.58 до 0.92.

https://habr.com/ru/articles/1037570/

#биоинформатика #биотехнологии #разработка_лекарств #алгоритмы #фармацевтика

Пиявка, криптобиоз и магистратура: история одного исследования

Клим, расскажи, что такое криптобиоз и почему это важно? Криптобиоз — это состояние, при котором организм практически полностью замедляет или временно останавливает видимые жизненные процессы, чтобы пережить крайне неблагоприятные условия среды. У разных организмов такие условия могут быть разными: это может быть высушивание, замораживание, дефицит кислорода или другие экстремальные воздействия. Именно поэтому криптобиоз особенно интересен: он показывает, что в природе уже существуют механизмы, позволяющие живым системам выдерживать то, что для большинства клеток и организмов оказалось бы разрушительным. К таким организмам относятся, например, тихоходки, коловратки, некоторые нематоды и артемия. Конечно, это не значит, что механизмы, работающие у таких организмов, можно напрямую перенести на клетки человека, ткани или органы. Между фундаментальным пониманием и реальным медицинским применением всегда пролегает большая дистанция. Но на природные примеры людям нужно смотреть в первую очередь: они показывают, что такие решения в принципе возможны, а значит, могут подсказать направление поиска, новые молекулярные мишени и биоинспирированные подходы в криобиологии, биобанкировании и других областях, где нужно сохранять живой материал.

https://habr.com/ru/companies/mipt_digital/articles/1035438/

#криптобиоз #пиявка #сохранение_биологических_систем #трансплантология #ЭКО #биобанкирование #криобиология #геномика #транскриптомика #биоинформатика

Пиявка, криптобиоз и магистратура: история одного исследования

Клим, расскажи, что такое криптобиоз и почему это важно? Криптобиоз — это состояние, при котором организм практически полностью замедляет или временно останавливает видимые жизненные процессы, чтобы пережить крайне неблагоприятные условия среды. У разных организмов такие условия могут быть разными: это может быть высушивание, замораживание, дефицит кислорода или другие экстремальные воздействия. Именно поэтому криптобиоз особенно интересен: он показывает, что в природе уже существуют механизмы, позволяющие живым системам выдерживать то, что для большинства клеток и организмов оказалось бы разрушительным. К таким организмам относятся, например, тихоходки, коловратки, некоторые нематоды и артемия. Конечно, это не значит, что механизмы, работающие у таких организмов, можно напрямую перенести на клетки человека, ткани или органы. Между фундаментальным пониманием и реальным медицинским применением всегда пролегает большая дистанция. Но на природные примеры людям нужно смотреть в первую очередь: они показывают, что такие решения в принципе возможны, а значит, могут подсказать направление поиска, новые молекулярные мишени и биоинспирированные подходы в криобиологии, биобанкировании и других областях, где нужно сохранять живой материал.

https://habr.com/ru/companies/mipt_digital/articles/1035438/

#криптобиоз #пиявка #сохранение_биологических_систем #трансплантология #ЭКО #биобанкирование #криобиология #геномика #транскриптомика #биоинформатика

Пиявка, криптобиоз и магистратура: история одного исследования

Клим, расскажи, что такое криптобиоз и почему это важно? Криптобиоз — это состояние, при котором организм практически полностью замедляет или временно останавливает видимые жизненные процессы, чтобы пережить крайне неблагоприятные условия среды. У разных организмов такие условия могут быть разными: это может быть высушивание, замораживание, дефицит кислорода или другие экстремальные воздействия. Именно поэтому криптобиоз особенно интересен: он показывает, что в природе уже существуют механизмы, позволяющие живым системам выдерживать то, что для большинства клеток и организмов оказалось бы разрушительным. К таким организмам относятся, например, тихоходки, коловратки, некоторые нематоды и артемия. Конечно, это не значит, что механизмы, работающие у таких организмов, можно напрямую перенести на клетки человека, ткани или органы. Между фундаментальным пониманием и реальным медицинским применением всегда пролегает большая дистанция. Но на природные примеры людям нужно смотреть в первую очередь: они показывают, что такие решения в принципе возможны, а значит, могут подсказать направление поиска, новые молекулярные мишени и биоинспирированные подходы в криобиологии, биобанкировании и других областях, где нужно сохранять живой материал.

https://habr.com/ru/companies/mipt_digital/articles/1035438/

#криптобиоз #пиявка #сохранение_биологических_систем #трансплантология #ЭКО #биобанкирование #криобиология #геномика #транскриптомика #биоинформатика

Пиявка, криптобиоз и магистратура: история одного исследования

Клим, расскажи, что такое криптобиоз и почему это важно? Криптобиоз — это состояние, при котором организм практически полностью замедляет или временно останавливает видимые жизненные процессы, чтобы пережить крайне неблагоприятные условия среды. У разных организмов такие условия могут быть разными: это может быть высушивание, замораживание, дефицит кислорода или другие экстремальные воздействия. Именно поэтому криптобиоз особенно интересен: он показывает, что в природе уже существуют механизмы, позволяющие живым системам выдерживать то, что для большинства клеток и организмов оказалось бы разрушительным. К таким организмам относятся, например, тихоходки, коловратки, некоторые нематоды и артемия. Конечно, это не значит, что механизмы, работающие у таких организмов, можно напрямую перенести на клетки человека, ткани или органы. Между фундаментальным пониманием и реальным медицинским применением всегда пролегает большая дистанция. Но на природные примеры людям нужно смотреть в первую очередь: они показывают, что такие решения в принципе возможны, а значит, могут подсказать направление поиска, новые молекулярные мишени и биоинспирированные подходы в криобиологии, биобанкировании и других областях, где нужно сохранять живой материал.

https://habr.com/ru/companies/mipt_digital/articles/1035438/

#криптобиоз #пиявка #сохранение_биологических_систем #трансплантология #ЭКО #биобанкирование #криобиология #геномика #транскриптомика #биоинформатика

Биологический квайн: программа из 75 букв ДНК, которая копирует сама себя

Если задать гуглу вопрос «какая система счисления у ДНК», он честно скажет — четверичная. Четыре буквы (A, C, G, T) кодируют всё, что есть в живом. Каждые три подряд — кодон, итого 64 комбинации, чего хватает с запасом на любой опкод компактной стек-машины. Я подумал: это же буквально готовый язык программирования. Природа уже нарисовала байткод, осталось написать виртуальную рибосому и проверить — можно ли в этом байткоде сделать квайн — программу, которая печатает сама себя. Самовоспроизводящуюся последовательность. Спойлер: можно. И влезает в 75 нуклеотидов. Это меньше, чем длина среднего твита. В этой статье я расскажу, как устроена эта штука: соберём четверичный байткод из ДНК, напишем стек-машину, которая по нему ходит, а в конце — соберём 75-нуклеотидный геном, который копирует сам себя нуклеотид за нуклеотидом. Дальше из этого вырастет 3D-симуляция тканей, эволюция и драматичная история про вымирание колонии — но это будут следующие статьи серии.

https://habr.com/ru/articles/1028184/

#днк #квайн #биология #генетический_код #эволюционные_алгоритмы #биоинформатика #искусственная_жизнь #научнопопулярное

GPT-Rosalind от OpenAI: где заканчивается хайп и начинается рабочий инструмент для биологии

Когда я работала с mRNAid , меня не отпускала одна мысль: в разработке терапевтических мРНК все еще слишком много ручной работы. Транскрипт должен и хорошо транслироваться, и достаточно долго жить, и при этом не запускать лишний иммунный ответ . На бумаге звучит красиво, а в лабораторной реальности это горы правок, локальные скрипты и “знание из головы”, которое трудно передать между командами. Да, у нас есть полезные строительные блоки вроде DNA Chisel. Но открытой платформы полного цикла, где последовательно учитываются структурные, последовательностные и иммуногенные ограничения, по-прежнему не хватает. Поэтому новость про GPT-Rosalind я читала без восторженных криков и без привычного скептического “ну опять”. Скорее как аккуратную заявку на новый связующий слой над существующим инструментарием.

https://habr.com/ru/articles/1024978/

#искусственный_интеллект #машинное_обучение #биотехнологии #биоинформатика #open_source #gptrosalind #openai #life_sciences

Персональная вакцина от рака: зачем я пишу координационный слой с открытым исходным кодом для mRNA-терапии

Я помню момент, когда это перестало быть абстракцией. Январь 2024 года. Команда Moderna и Merck публикует обновленные данные по KEYNOTE-942: в первичном анализе персонализированная mRNA-вакцина V940 в комбинации с пембролизумабом показала снижение риска рецидива меланомы на 44% (HR 0.561; 95% CI 0.309-1.017; двустороннее p=0.053), то есть результат на границе статистической значимости. Публикация в Lancet, 157 пациентов. Это не пресс-релиз с конференции и не слайд из инвесторской презентации, а рецензируемая статья в одном из самых строгих медицинских журналов. Потом картина стала только убедительнее: в 3-летнем наблюдении (ASCO 2024, абстракт LBA9512) сообщалось о 49% снижении риска рецидива или смерти (HR 0.510; 95% CI 0.288-0.906; двустороннее номинальное описательное p=0.019). В 5-летнем обновлении, опубликованном как корпоративное сообщение Moderna, эффект тоже описывался как сохраняющийся; в сообщении приводилось одностороннее номинальное p=0.0075. А дальше все пошло быстро. К моменту публикации статьи в Lancet Moderna уже запустила третью фазу испытаний INTerpath-001. По записи ClinicalTrials.gov у исследования NCT05933577 дата первой публикации в реестре - 6 июля 2023 года; это фиксирует запуск уже в июле 2023-го. В протоколе - 1089 пациентов и, по данным запуска программы, 38 центров в 14 странах. Исследование по коду NCT05933577 находится сразу; статус - “active, not recruiting”. Параллельно Genentech вместе с BioNTech двигают вторую фазу autogene cevumeran по раку поджелудочной, NCT05968326, в комбинации с атезолизумабом и mFOLFIRINOX. Это заболевание, где пятилетняя выживаемость по срезу SEER для всей категории рака поджелудочной составляет 13.3% (интервал 2015-2021), а для PDAC профиль риска обычно еще хуже. В расширенном наблюдении первой фазы по раку поджелудочной (Sethna, Guasp et al., Nature, 2025; полный текст по платной подписке) у пациентов-респондеров на вакцину медиана выживаемости без рецидива не была достигнута при медиане наблюдения 3.2 года - против 13.4 месяца у нереспондеров (p = 0.007).

https://habr.com/ru/articles/1024586/

#мрнк #биоинформатика #биотехнологии #медицина #анализ_данных #open_source #nodejs #typescript #клинические_исследования #персонализированная_медицина

Персональная вакцина от рака: зачем я пишу координационный слой с открытым исходным кодом для mRNA-терапии

Я помню момент, когда это перестало быть абстракцией. Январь 2024 года. Команда Moderna и Merck публикует обновленные данные по KEYNOTE-942: в первичном анализе персонализированная mRNA-вакцина V940 в комбинации с пембролизумабом показала снижение риска рецидива меланомы на 44% (HR 0.561; 95% CI 0.309-1.017; двустороннее p=0.053), то есть результат на границе статистической значимости. Публикация в Lancet, 157 пациентов. Это не пресс-релиз с конференции и не слайд из инвесторской презентации, а рецензируемая статья в одном из самых строгих медицинских журналов. Потом картина стала только убедительнее: в 3-летнем наблюдении (ASCO 2024, абстракт LBA9512) сообщалось о 49% снижении риска рецидива или смерти (HR 0.510; 95% CI 0.288-0.906; двустороннее номинальное описательное p=0.019). В 5-летнем обновлении, опубликованном как корпоративное сообщение Moderna, эффект тоже описывался как сохраняющийся; в сообщении приводилось одностороннее номинальное p=0.0075. А дальше все пошло быстро. К моменту публикации статьи в Lancet Moderna уже запустила третью фазу испытаний INTerpath-001. По записи ClinicalTrials.gov у исследования NCT05933577 дата первой публикации в реестре - 6 июля 2023 года; это фиксирует запуск уже в июле 2023-го. В протоколе - 1089 пациентов и, по данным запуска программы, 38 центров в 14 странах. Исследование по коду NCT05933577 находится сразу; статус - “active, not recruiting”. Параллельно Genentech вместе с BioNTech двигают вторую фазу autogene cevumeran по раку поджелудочной, NCT05968326, в комбинации с атезолизумабом и mFOLFIRINOX. Это заболевание, где пятилетняя выживаемость по срезу SEER для всей категории рака поджелудочной составляет 13.3% (интервал 2015-2021), а для PDAC профиль риска обычно еще хуже. В расширенном наблюдении первой фазы по раку поджелудочной (Sethna, Guasp et al., Nature, 2025; полный текст по платной подписке) у пациентов-респондеров на вакцину медиана выживаемости без рецидива не была достигнута при медиане наблюдения 3.2 года - против 13.4 месяца у нереспондеров (p = 0.007).

https://habr.com/ru/articles/1024586/

#мрнк #биоинформатика #биотехнологии #медицина #анализ_данных #open_source #nodejs #typescript #клинические_исследования #персонализированная_медицина

Персональная вакцина от рака: зачем я пишу координационный слой с открытым исходным кодом для mRNA-терапии

Я помню момент, когда это перестало быть абстракцией. Январь 2024 года. Команда Moderna и Merck публикует обновленные данные по KEYNOTE-942: в первичном анализе персонализированная mRNA-вакцина V940 в комбинации с пембролизумабом показала снижение риска рецидива меланомы на 44% (HR 0.561; 95% CI 0.309-1.017; двустороннее p=0.053), то есть результат на границе статистической значимости. Публикация в Lancet, 157 пациентов. Это не пресс-релиз с конференции и не слайд из инвесторской презентации, а рецензируемая статья в одном из самых строгих медицинских журналов. Потом картина стала только убедительнее: в 3-летнем наблюдении (ASCO 2024, абстракт LBA9512) сообщалось о 49% снижении риска рецидива или смерти (HR 0.510; 95% CI 0.288-0.906; двустороннее номинальное описательное p=0.019). В 5-летнем обновлении, опубликованном как корпоративное сообщение Moderna, эффект тоже описывался как сохраняющийся; в сообщении приводилось одностороннее номинальное p=0.0075. А дальше все пошло быстро. К моменту публикации статьи в Lancet Moderna уже запустила третью фазу испытаний INTerpath-001. По записи ClinicalTrials.gov у исследования NCT05933577 дата первой публикации в реестре - 6 июля 2023 года; это фиксирует запуск уже в июле 2023-го. В протоколе - 1089 пациентов и, по данным запуска программы, 38 центров в 14 странах. Исследование по коду NCT05933577 находится сразу; статус - “active, not recruiting”. Параллельно Genentech вместе с BioNTech двигают вторую фазу autogene cevumeran по раку поджелудочной, NCT05968326, в комбинации с атезолизумабом и mFOLFIRINOX. Это заболевание, где пятилетняя выживаемость по срезу SEER для всей категории рака поджелудочной составляет 13.3% (интервал 2015-2021), а для PDAC профиль риска обычно еще хуже. В расширенном наблюдении первой фазы по раку поджелудочной (Sethna, Guasp et al., Nature, 2025; полный текст по платной подписке) у пациентов-респондеров на вакцину медиана выживаемости без рецидива не была достигнута при медиане наблюдения 3.2 года - против 13.4 месяца у нереспондеров (p = 0.007).

https://habr.com/ru/articles/1024586/

#мрнк #биоинформатика #биотехнологии #медицина #анализ_данных #open_source #nodejs #typescript #клинические_исследования #персонализированная_медицина

Персональная вакцина от рака: зачем я пишу координационный слой с открытым исходным кодом для mRNA-терапии

Я помню момент, когда это перестало быть абстракцией. Январь 2024 года. Команда Moderna и Merck публикует обновленные данные по KEYNOTE-942: в первичном анализе персонализированная mRNA-вакцина V940 в комбинации с пембролизумабом показала снижение риска рецидива меланомы на 44% (HR 0.561; 95% CI 0.309-1.017; двустороннее p=0.053), то есть результат на границе статистической значимости. Публикация в Lancet, 157 пациентов. Это не пресс-релиз с конференции и не слайд из инвесторской презентации, а рецензируемая статья в одном из самых строгих медицинских журналов. Потом картина стала только убедительнее: в 3-летнем наблюдении (ASCO 2024, абстракт LBA9512) сообщалось о 49% снижении риска рецидива или смерти (HR 0.510; 95% CI 0.288-0.906; двустороннее номинальное описательное p=0.019). В 5-летнем обновлении, опубликованном как корпоративное сообщение Moderna, эффект тоже описывался как сохраняющийся; в сообщении приводилось одностороннее номинальное p=0.0075. А дальше все пошло быстро. К моменту публикации статьи в Lancet Moderna уже запустила третью фазу испытаний INTerpath-001. По записи ClinicalTrials.gov у исследования NCT05933577 дата первой публикации в реестре - 6 июля 2023 года; это фиксирует запуск уже в июле 2023-го. В протоколе - 1089 пациентов и, по данным запуска программы, 38 центров в 14 странах. Исследование по коду NCT05933577 находится сразу; статус - “active, not recruiting”. Параллельно Genentech вместе с BioNTech двигают вторую фазу autogene cevumeran по раку поджелудочной, NCT05968326, в комбинации с атезолизумабом и mFOLFIRINOX. Это заболевание, где пятилетняя выживаемость по срезу SEER для всей категории рака поджелудочной составляет 13.3% (интервал 2015-2021), а для PDAC профиль риска обычно еще хуже. В расширенном наблюдении первой фазы по раку поджелудочной (Sethna, Guasp et al., Nature, 2025; полный текст по платной подписке) у пациентов-респондеров на вакцину медиана выживаемости без рецидива не была достигнута при медиане наблюдения 3.2 года - против 13.4 месяца у нереспондеров (p = 0.007).

https://habr.com/ru/articles/1024586/

#мрнк #биоинформатика #биотехнологии #медицина #анализ_данных #open_source #nodejs #typescript #клинические_исследования #персонализированная_медицина

[Перевод] Эволюция человека резко ускорилась после начала земледелия

Считалось, что культура стала нашим надежным щитом от естественного отбора. Но 15 тысяч древних геномов доказывают обратное: когда мы распахали поля и построили города, наша ДНК включилась в яростную гонку на выживание. Там, где раньше мы видели лишь статистический шум, теперь очевиден жесткий направленный отбор.

https://habr.com/ru/articles/1024476/

#эволюция #антропогенез #биология #генетика #биоинформатика #история_человека #днк #естественный_отбор #адаптация #неолит

[Перевод] Эволюция человека резко ускорилась после начала земледелия

Считалось, что культура стала нашим надежным щитом от естественного отбора. Но 15 тысяч древних геномов доказывают обратное: когда мы распахали поля и построили города, наша ДНК включилась в яростную гонку на выживание. Там, где раньше мы видели лишь статистический шум, теперь очевиден жесткий направленный отбор.

https://habr.com/ru/articles/1024476/

#эволюция #антропогенез #биология #генетика #биоинформатика #история_человека #днк #естественный_отбор #адаптация #неолит

[Перевод] Эволюция человека резко ускорилась после начала земледелия

Считалось, что культура стала нашим надежным щитом от естественного отбора. Но 15 тысяч древних геномов доказывают обратное: когда мы распахали поля и построили города, наша ДНК включилась в яростную гонку на выживание. Там, где раньше мы видели лишь статистический шум, теперь очевиден жесткий направленный отбор.

https://habr.com/ru/articles/1024476/

#эволюция #антропогенез #биология #генетика #биоинформатика #история_человека #днк #естественный_отбор #адаптация #неолит

[Перевод] Эволюция человека резко ускорилась после начала земледелия

Считалось, что культура стала нашим надежным щитом от естественного отбора. Но 15 тысяч древних геномов доказывают обратное: когда мы распахали поля и построили города, наша ДНК включилась в яростную гонку на выживание. Там, где раньше мы видели лишь статистический шум, теперь очевиден жесткий направленный отбор.

https://habr.com/ru/articles/1024476/

#эволюция #антропогенез #биология #генетика #биоинформатика #история_человека #днк #естественный_отбор #адаптация #неолит

[Перевод] Роль соматических мутаций в развитии аутоиммунных заболеваний: путь к избирательной терапии

В основе аутоиммунных заболеваний щитовидной железы лежит поликлональный механизм. Соматические мутации в иммуннорегуляторных локусах ставят под сомнение традиционные подходы к лечению. Иммунная система постоянно балансирует: она должна уничтожать чужеродные агенты, но при этом не атаковать собственные ткани организма. Иммунная толерантность обеспечивается регуляторными факторами, которые предотвращают активацию лимфоцитов против аутоантигенов. Гипотеза о том, что толерантность может нарушаться из-за постепенного накопления соматических мутаций в B-клетках, существовала давно. Однако до недавнего времени доказать её не удавалось из-за недостаточной точности секвенирования нераковых тканей. Недавнее исследование (Институт Сенгера, Фонд больниц Кембриджского университета (NHS) и сам Кембриджский университет) показало: соматическая эволюция B-лимфоцитов — один из главных драйверов аутоиммунных заболеваний.

https://habr.com/ru/articles/1023792/

#биотехнологии #иммунология #мутации #генетика #биоинформатика #биология #щитовидная_железа #секвенирование #иммунные_клетки #клетки

[Перевод] Роль соматических мутаций в развитии аутоиммунных заболеваний: путь к избирательной терапии

В основе аутоиммунных заболеваний щитовидной железы лежит поликлональный механизм. Соматические мутации в иммуннорегуляторных локусах ставят под сомнение традиционные подходы к лечению. Иммунная система постоянно балансирует: она должна уничтожать чужеродные агенты, но при этом не атаковать собственные ткани организма. Иммунная толерантность обеспечивается регуляторными факторами, которые предотвращают активацию лимфоцитов против аутоантигенов. Гипотеза о том, что толерантность может нарушаться из-за постепенного накопления соматических мутаций в B-клетках, существовала давно. Однако до недавнего времени доказать её не удавалось из-за недостаточной точности секвенирования нераковых тканей. Недавнее исследование (Институт Сенгера, Фонд больниц Кембриджского университета (NHS) и сам Кембриджский университет) показало: соматическая эволюция B-лимфоцитов — один из главных драйверов аутоиммунных заболеваний.

https://habr.com/ru/articles/1023792/

#биотехнологии #иммунология #мутации #генетика #биоинформатика #биология #щитовидная_железа #секвенирование #иммунные_клетки #клетки

[Перевод] Роль соматических мутаций в развитии аутоиммунных заболеваний: путь к избирательной терапии

В основе аутоиммунных заболеваний щитовидной железы лежит поликлональный механизм. Соматические мутации в иммуннорегуляторных локусах ставят под сомнение традиционные подходы к лечению. Иммунная система постоянно балансирует: она должна уничтожать чужеродные агенты, но при этом не атаковать собственные ткани организма. Иммунная толерантность обеспечивается регуляторными факторами, которые предотвращают активацию лимфоцитов против аутоантигенов. Гипотеза о том, что толерантность может нарушаться из-за постепенного накопления соматических мутаций в B-клетках, существовала давно. Однако до недавнего времени доказать её не удавалось из-за недостаточной точности секвенирования нераковых тканей. Недавнее исследование (Институт Сенгера, Фонд больниц Кембриджского университета (NHS) и сам Кембриджский университет) показало: соматическая эволюция B-лимфоцитов — один из главных драйверов аутоиммунных заболеваний.

https://habr.com/ru/articles/1023792/

#биотехнологии #иммунология #мутации #генетика #биоинформатика #биология #щитовидная_железа #секвенирование #иммунные_клетки #клетки

[Перевод] Роль соматических мутаций в развитии аутоиммунных заболеваний: путь к избирательной терапии

В основе аутоиммунных заболеваний щитовидной железы лежит поликлональный механизм. Соматические мутации в иммуннорегуляторных локусах ставят под сомнение традиционные подходы к лечению. Иммунная система постоянно балансирует: она должна уничтожать чужеродные агенты, но при этом не атаковать собственные ткани организма. Иммунная толерантность обеспечивается регуляторными факторами, которые предотвращают активацию лимфоцитов против аутоантигенов. Гипотеза о том, что толерантность может нарушаться из-за постепенного накопления соматических мутаций в B-клетках, существовала давно. Однако до недавнего времени доказать её не удавалось из-за недостаточной точности секвенирования нераковых тканей. Недавнее исследование (Институт Сенгера, Фонд больниц Кембриджского университета (NHS) и сам Кембриджский университет) показало: соматическая эволюция B-лимфоцитов — один из главных драйверов аутоиммунных заболеваний.

https://habr.com/ru/articles/1023792/

#биотехнологии #иммунология #мутации #генетика #биоинформатика #биология #щитовидная_железа #секвенирование #иммунные_клетки #клетки

От отчаяния к мРНК: как владелец собаки полез в биотех с помощью ИИ

История про «человек сделал вакцину с помощью ИИ и вылечил собаку» звучит слишком хорошо, чтобы не задать пару вопросов. Я попробовала разобраться, что за этим стоит на самом деле — от мРНК-вакцин до ограничений и нюансов, которые обычно остаются за кадром.

https://habr.com/ru/articles/1020492/

#здоровье #вакцины #биотехнологии #секвенирование #искусственный_интеллект #домашние_животные #иммунология #биоинформатика #персонализированная_медицина

От отчаяния к мРНК: как владелец собаки полез в биотех с помощью ИИ

История про «человек сделал вакцину с помощью ИИ и вылечил собаку» звучит слишком хорошо, чтобы не задать пару вопросов. Я попробовала разобраться, что за этим стоит на самом деле — от мРНК-вакцин до ограничений и нюансов, которые обычно остаются за кадром.

https://habr.com/ru/articles/1020492/

#здоровье #вакцины #биотехнологии #секвенирование #искусственный_интеллект #домашние_животные #иммунология #биоинформатика #персонализированная_медицина

От отчаяния к мРНК: как владелец собаки полез в биотех с помощью ИИ

История про «человек сделал вакцину с помощью ИИ и вылечил собаку» звучит слишком хорошо, чтобы не задать пару вопросов. Я попробовала разобраться, что за этим стоит на самом деле — от мРНК-вакцин до ограничений и нюансов, которые обычно остаются за кадром.

https://habr.com/ru/articles/1020492/

#здоровье #вакцины #биотехнологии #секвенирование #искусственный_интеллект #домашние_животные #иммунология #биоинформатика #персонализированная_медицина

От отчаяния к мРНК: как владелец собаки полез в биотех с помощью ИИ

История про «человек сделал вакцину с помощью ИИ и вылечил собаку» звучит слишком хорошо, чтобы не задать пару вопросов. Я попробовала разобраться, что за этим стоит на самом деле — от мРНК-вакцин до ограничений и нюансов, которые обычно остаются за кадром.

https://habr.com/ru/articles/1020492/

#здоровье #вакцины #биотехнологии #секвенирование #искусственный_интеллект #домашние_животные #иммунология #биоинформатика #персонализированная_медицина

[Перевод] Почему ИИ в биологии — риск системных галлюцинаций?

Почему в биологических проектах уверенность нейронок часто опережает реальное научное понимание, и какие выводы из этого стоит сделать разработчикам. Главный триумф AI в биологии - AlphaFold. Проект не возник из ниоткуда, он опирается на Protein Data Bank PDB базу данных, которую начали собирать еще в 1970-х. Успех модели обеспечили не только алгоритмы, но и десятилетия работы конкурса CASP, где эксперты верифицировали предсказания структур белков. Без жестких стандартов качества никакое GPU не дало бы результата. Многие команды пытаются применять ИИ там, где данных либо недостаточно, либо они не подходят. В медицине принято считать электронные медкарты золотой жилой, но для прорывов нужны новые биомаркеры и лабораторные исследования, которые сейчас недофинансированы.

https://habr.com/ru/articles/1020150/

#Data_Cascades #машинное_обучение #Биоинформатика #Нейросеть #ИИ #Ai #Обучение_нейросетей #Научные_исследования

[Перевод] Почему ИИ в биологии — риск системных галлюцинаций?

Почему в биологических проектах уверенность нейронок часто опережает реальное научное понимание, и какие выводы из этого стоит сделать разработчикам. Главный триумф AI в биологии - AlphaFold. Проект не возник из ниоткуда, он опирается на Protein Data Bank PDB базу данных, которую начали собирать еще в 1970-х. Успех модели обеспечили не только алгоритмы, но и десятилетия работы конкурса CASP, где эксперты верифицировали предсказания структур белков. Без жестких стандартов качества никакое GPU не дало бы результата. Многие команды пытаются применять ИИ там, где данных либо недостаточно, либо они не подходят. В медицине принято считать электронные медкарты золотой жилой, но для прорывов нужны новые биомаркеры и лабораторные исследования, которые сейчас недофинансированы.

https://habr.com/ru/articles/1020150/

#Data_Cascades #машинное_обучение #Биоинформатика #Нейросеть #ИИ #Ai #Обучение_нейросетей #Научные_исследования

[Перевод] Почему ИИ в биологии — риск системных галлюцинаций?

Почему в биологических проектах уверенность нейронок часто опережает реальное научное понимание, и какие выводы из этого стоит сделать разработчикам. Главный триумф AI в биологии - AlphaFold. Проект не возник из ниоткуда, он опирается на Protein Data Bank PDB базу данных, которую начали собирать еще в 1970-х. Успех модели обеспечили не только алгоритмы, но и десятилетия работы конкурса CASP, где эксперты верифицировали предсказания структур белков. Без жестких стандартов качества никакое GPU не дало бы результата. Многие команды пытаются применять ИИ там, где данных либо недостаточно, либо они не подходят. В медицине принято считать электронные медкарты золотой жилой, но для прорывов нужны новые биомаркеры и лабораторные исследования, которые сейчас недофинансированы.

https://habr.com/ru/articles/1020150/

#Data_Cascades #машинное_обучение #Биоинформатика #Нейросеть #ИИ #Ai #Обучение_нейросетей #Научные_исследования

[Перевод] Почему ИИ в биологии — риск системных галлюцинаций?

Почему в биологических проектах уверенность нейронок часто опережает реальное научное понимание, и какие выводы из этого стоит сделать разработчикам. Главный триумф AI в биологии - AlphaFold. Проект не возник из ниоткуда, он опирается на Protein Data Bank PDB базу данных, которую начали собирать еще в 1970-х. Успех модели обеспечили не только алгоритмы, но и десятилетия работы конкурса CASP, где эксперты верифицировали предсказания структур белков. Без жестких стандартов качества никакое GPU не дало бы результата. Многие команды пытаются применять ИИ там, где данных либо недостаточно, либо они не подходят. В медицине принято считать электронные медкарты золотой жилой, но для прорывов нужны новые биомаркеры и лабораторные исследования, которые сейчас недофинансированы.

https://habr.com/ru/articles/1020150/

#Data_Cascades #машинное_обучение #Биоинформатика #Нейросеть #ИИ #Ai #Обучение_нейросетей #Научные_исследования

Биологи смоделировали полный жизненный цикл живой клетки

Группа исследователей впервые смоделировала полный жизненный цикл живой бактериальной клетки с наномасштабным разрешением, отследив поведение каждого гена, белка и химической реакции от репликации ДНК до клеточного деления. Результаты исследования, опубликованные в журнале Cell, открывают возможность заменить сотни реальных лабораторных экспериментов одной комплексной 4D-симуляцией.

https://habr.com/ru/articles/1009160/

#биология #вычислительная_биология #синтетическая_биология #биоинформатика #репликация_ДНК #компьютерное_моделирование #суперкомпьютеры #наука #генетика #биофизика

Как магистратура по искусственному интеллекту научила меня лучше понимать котиков

Статья приурочена ко Всемирному дню кошек Когда я поступала в AI Talent Hub от ИТМО, я ожидала, что прокачаю свои навыки в Machine Learning и Data Science, т.е. научусь обучать модели, работать с нейросетями и оптимизировать функции потерь. Я не ожидала, что научусь лучше понимать естественный интеллект, себя и своих пушистых друзей. На первый взгляд, мне казалось, что между котиками и ИИ нет ничего общего. Ведь модели мне казались сплошной стерильной математикой. У моделей нет эмоций, нет страха, они не помнят боли и жестокости улицы, они просто минимизируют loss function. Но чем глубже я погружалась в принципы обучения искусственных систем, тем яснее становилось, что фундаментальные механизмы обучения универсальны.

https://habr.com/ru/articles/1005266/

#котики #ии #машинное_обучение #мозг #интеллект #биоинформатика #праздник #весна #аналогии #абстракции

Data-driven корова: как мы строим SaaS для геномной селекции и решаем проблемы «грязных» данных в агротехе

Большинство данных на фермах оседает в Excel-таблицах и тетрадках зоотехников. Вместе с командой Genome AI (акселератор Talent Hub ИТМО и Napoleon IT) разбираемся, как машинное обучение превращает генетический «шум» в прогнозы продуктивности. В статье — про гибридные модели (CatBoost + PyTorch), работу с SNP-маркерами, кривые лактации и то, зачем корове цифровой двойник. Без абстракций — только код на R, визуализации и архитектура пайплайна.

https://habr.com/ru/articles/1003614/

#Машинное_обучение #Геномная_селекция #agtech #data_science #биоинформатика #анализ_данных #стартапы #цифровой_двойник #saas

Data-driven корова: как мы строим SaaS для геномной селекции и решаем проблемы «грязных» данных в агротехе

Большинство данных на фермах оседает в Excel-таблицах и тетрадках зоотехников. Вместе с командой Genome AI (акселератор Talent Hub ИТМО и Napoleon IT) разбираемся, как машинное обучение превращает генетический «шум» в прогнозы продуктивности. В статье — про гибридные модели (CatBoost + PyTorch), работу с SNP-маркерами, кривые лактации и то, зачем корове цифровой двойник. Без абстракций — только код на R, визуализации и архитектура пайплайна.

https://habr.com/ru/articles/1003614/

#Машинное_обучение #Геномная_селекция #agtech #data_science #биоинформатика #анализ_данных #стартапы #цифровой_двойник #saas

Data-driven корова: как мы строим SaaS для геномной селекции и решаем проблемы «грязных» данных в агротехе

Большинство данных на фермах оседает в Excel-таблицах и тетрадках зоотехников. Вместе с командой Genome AI (акселератор Talent Hub ИТМО и Napoleon IT) разбираемся, как машинное обучение превращает генетический «шум» в прогнозы продуктивности. В статье — про гибридные модели (CatBoost + PyTorch), работу с SNP-маркерами, кривые лактации и то, зачем корове цифровой двойник. Без абстракций — только код на R, визуализации и архитектура пайплайна.

https://habr.com/ru/articles/1003614/

#Машинное_обучение #Геномная_селекция #agtech #data_science #биоинформатика #анализ_данных #стартапы #цифровой_двойник #saas

Data-driven корова: как мы строим SaaS для геномной селекции и решаем проблемы «грязных» данных в агротехе

Большинство данных на фермах оседает в Excel-таблицах и тетрадках зоотехников. Вместе с командой Genome AI (акселератор Talent Hub ИТМО и Napoleon IT) разбираемся, как машинное обучение превращает генетический «шум» в прогнозы продуктивности. В статье — про гибридные модели (CatBoost + PyTorch), работу с SNP-маркерами, кривые лактации и то, зачем корове цифровой двойник. Без абстракций — только код на R, визуализации и архитектура пайплайна.

https://habr.com/ru/articles/1003614/

#Машинное_обучение #Геномная_селекция #agtech #data_science #биоинформатика #анализ_данных #стартапы #цифровой_двойник #saas

Кроим ДНК на Python — CRISPR gRNA finder, Часть II: Скоринг, off-target и реальный ген

В первой части мы написали базовый поиск gRNA с фильтрацией по GC-составу. Работает, но тупо: все кандидаты в диапазоне 40-60% считаются равнозначными. В реальности это не так. Сегодня добавим систему скоринга — будем ранжировать gRNA по качеству, учитывая позицию нуклеотидов и особенности U6-промотора. Потом подключим NCBI BLAST, чтобы проверять кандидатов на off-target: не порежет ли Cas9 что-нибудь лишнее в геноме. Тестировать будем на гене CCR5 — том самом, который отредактировал китайский учёный Хэ Цзянькуй в скандальном эксперименте 2018 года.

https://habr.com/ru/articles/982876/

#днк #cas9 #crispr #генетика #генная_инженерия #биоинформатика #биоинженерия #анализ_днк

Кроим ДНК на Python: CRISPR gRNA finder, Часть I: Введение и базовый поиск

Несколько лет назад я наткнулся на статью про CRISPR‑Cas9 и домашние биолаборатории — люди буквально у себя дома экспериментировали с редактированием генов. Я бэкенд‑разработчик, биологию последний раз открывал в школе, но желание разобраться никуда не делось. В этой статье разберёмся, как работает CRISPR на минимальном уровне, и напишем CLI‑утилиту на Python для поиска потенциальных guide RNA — «наводчиков» для молекулярных ножниц Cas9.

https://habr.com/ru/articles/982664/

#биоинформатика #биоинженерия #cas9 #crispr #днк #анализ_днк #чайникчайнику

«В зеленой Англии родной». Как провести перепись растений при помощи перфокарт

Биологи начали применять современные информационные технологии отнюдь не сегодня. Рассказываем, как перфокарты — технология, созданная для переписей населения, железных дорог и банков, помогла составить самый точный ботанический атлас Британских островов.

https://habr.com/ru/articles/943550/

#перфокарта #перфокарты #перфокарточная_система #ботаника #биология #биоинформатика #история_it #история_ит #история_науки

Почувствуй себя рибосомой. Как устроен современный дизайн белков

Привет! Это Маша Синдеева, научный сотрудник группы дизайна белков AIRI. Основное направление нашей группы — это разработка ИИ‑моделей для задач, связанных с дизайном белков. В этом посте я постараюсь рассказать о том, что такое белки, как устроен процесс их дизайна, и как с этим может помочь наша новая статья AFToolkit: a framework for molecular modeling of proteins with AlphaFold‑derived representations , которая вышла в журнале Briefings in Bioinformatics, и которую мы написали вместе с ребятами из группы органической химии AIRI.

https://habr.com/ru/companies/airi/articles/933238/

#биоинформатика #дизайн_белков #AlphaFold

Почувствуй себя рибосомой. Как устроен современный дизайн белков

Привет! Это Маша Синдеева, научный сотрудник группы дизайна белков AIRI. Основное направление нашей группы — это разработка ИИ‑моделей для задач, связанных с дизайном белков. В этом посте я постараюсь рассказать о том, что такое белки, как устроен процесс их дизайна, и как с этим может помочь наша новая статья AFToolkit: a framework for molecular modeling of proteins with AlphaFold‑derived representations , которая вышла в журнале Briefings in Bioinformatics, и которую мы написали вместе с ребятами из группы органической химии AIRI.

https://habr.com/ru/companies/airi/articles/933238/

#биоинформатика #дизайн_белков #AlphaFold

Почувствуй себя рибосомой. Как устроен современный дизайн белков

Привет! Это Маша Синдеева, научный сотрудник группы дизайна белков AIRI. Основное направление нашей группы — это разработка ИИ‑моделей для задач, связанных с дизайном белков. В этом посте я постараюсь рассказать о том, что такое белки, как устроен процесс их дизайна, и как с этим может помочь наша новая статья AFToolkit: a framework for molecular modeling of proteins with AlphaFold‑derived representations , которая вышла в журнале Briefings in Bioinformatics, и которую мы написали вместе с ребятами из группы органической химии AIRI.

https://habr.com/ru/companies/airi/articles/933238/

#биоинформатика #дизайн_белков #AlphaFold

Почувствуй себя рибосомой. Как устроен современный дизайн белков

Привет! Это Маша Синдеева, научный сотрудник группы дизайна белков AIRI. Основное направление нашей группы — это разработка ИИ‑моделей для задач, связанных с дизайном белков. В этом посте я постараюсь рассказать о том, что такое белки, как устроен процесс их дизайна, и как с этим может помочь наша новая статья AFToolkit: a framework for molecular modeling of proteins with AlphaFold‑derived representations , которая вышла в журнале Briefings in Bioinformatics, и которую мы написали вместе с ребятами из группы органической химии AIRI.

https://habr.com/ru/companies/airi/articles/933238/

#биоинформатика #дизайн_белков #AlphaFold

APL: математика на стероидах, о которой никто не говорит

В 1957 году , когда компьютеры программировались на машинных кодах и ассемблере, канадский учёный Кеннет Айверсон задумался: как сделать описание алгоритмов столь же строгим, как математические формулы, но при этом ещё и сделать интерактивном исполняемым? Да-да, интерактивный язык в 60-х, задолго до пайтона, перла и тикля. Так родился APL — сначала как академический инструмент для описания алгоритмов в книгах (например, в его работе "A Programming Language" 1962 г.), постепенно эволюционировавший в исполняемый язык. Но причём здесь 2025-й год спросите вы? Data Science : APL опередил NumPy/Pandas на 40 лет — матричные операции здесь вшиты в ядро. Обучение : Лучший способ понять SVD или преобразование Фурье — записать их в APL. Прототипирование : Проверить идею можно быстрее, чем ChatGPT сгенерирует ответ. Почему об этом мало говорят?

https://habr.com/ru/articles/918590/

#python #прототипирование #apl #алгоритмы #обучение #обучение_программированию #математика #физика #биоинформатика #мышление

Интеллектуальные технологии в биомедицине. Как AI и Data Science решают задачи науки

ИИ и Data Science уже стали неотъемлемой частью современной биомедицины: с их помощью исследуют микробиом человека, диагностируют болезни у животных и моделируют органы в 3D. В статье — прикладные проекты на стыке биологии, медицины и ветеринарии: от метагеномики и цифровых двойников до нейросетевого анализа поведения собак и платформы «Медцифра».

https://habr.com/ru/companies/mipt_digital/articles/926002/

#биоинформатика #визуализация_данных #агробио #метагеномика #микробиота #искусственный_интеллект #машинное_обучение #анализ_днк #цифровая_медицина #поведение_животных

Интеллектуальные технологии в биомедицине. Как AI и Data Science решают задачи науки

ИИ и Data Science уже стали неотъемлемой частью современной биомедицины: с их помощью исследуют микробиом человека, диагностируют болезни у животных и моделируют органы в 3D. В статье — прикладные проекты на стыке биологии, медицины и ветеринарии: от метагеномики и цифровых двойников до нейросетевого анализа поведения собак и платформы «Медцифра».

https://habr.com/ru/companies/mipt_digital/articles/926002/

#биоинформатика #визуализация_данных #агробио #метагеномика #микробиота #искусственный_интеллект #машинное_обучение #анализ_днк #цифровая_медицина #поведение_животных

Интеллектуальные технологии в биомедицине. Как AI и Data Science решают задачи науки

ИИ и Data Science уже стали неотъемлемой частью современной биомедицины: с их помощью исследуют микробиом человека, диагностируют болезни у животных и моделируют органы в 3D. В статье — прикладные проекты на стыке биологии, медицины и ветеринарии: от метагеномики и цифровых двойников до нейросетевого анализа поведения собак и платформы «Медцифра».

https://habr.com/ru/companies/mipt_digital/articles/926002/

#биоинформатика #визуализация_данных #агробио #метагеномика #микробиота #искусственный_интеллект #машинное_обучение #анализ_днк #цифровая_медицина #поведение_животных

Интеллектуальные технологии в биомедицине. Как AI и Data Science решают задачи науки

ИИ и Data Science уже стали неотъемлемой частью современной биомедицины: с их помощью исследуют микробиом человека, диагностируют болезни у животных и моделируют органы в 3D. В статье — прикладные проекты на стыке биологии, медицины и ветеринарии: от метагеномики и цифровых двойников до нейросетевого анализа поведения собак и платформы «Медцифра».

https://habr.com/ru/companies/mipt_digital/articles/926002/

#биоинформатика #визуализация_данных #агробио #метагеномика #микробиота #искусственный_интеллект #машинное_обучение #анализ_днк #цифровая_медицина #поведение_животных

Галлюцинации и многообразия. Зачем искусственному интеллекту многомерные миры

Сейчас на Хабре много пишут о галлюцинировании нейронных сетей и больших языковых моделей в частности. Хорошим введением в эту тему, написанным с философских позиций, мне представляется текст уважаемого Дэна Рычковского @DZRobo « Когда ИИ закрывает глаза: путешествие между воображением и галлюцинациями ». Базовое техническое погружение в тему вы найдёте в статье уважаемой @toppal « Причины возникновения галлюцинаций LLM », это перевод академической статьи специалистов Харбинского технологического института, опубликованной в конце 2024 года. Действительно, в большинстве источников галлюцинации ИИ рассматривают либо в негативном ключе, либо как неизбежный побочный эффект, связанный с попытками «вшить» синтетический аналог воображения в вычислительную сеть. Я же хочу остановиться на менее известном аспекте работы нейронок, в котором галлюцинации могут восприниматься как положительная и даже необходимая часть работы алгоритма. Речь пойдёт об искусственном повышении размерности данных, подаваемых на вход в нейросеть, и о том, к чему такая практика может приводить. Наиболее известное проявление такого эффекта известно в англоязычных источниках под названием « проклятие размерности » (curse of dimensionality).

https://habr.com/ru/articles/929134/

#биоинформатика #искусственный_интеллект #галлюцинации #многообразия #глубокое_обучение

Как машинное обучение приручает хаос биологических данных

Вы когда-нибудь задумывались, сколько тайн скрыто в миллиардах генетических последовательностей, данных о белках и эпигенетических механизмах? А теперь представьте, как алгоритмы преобразуют этот хаос в логичные и работающие модели. Не так давно алгоритмы в биоинформатике собирались вручную. Сегодня, благодаря машинному обучению, они адаптируются, обучаясь на предоставленных данных, вычленяют низкоуровневые закономерности и формируют абстрактные представления.

https://habr.com/ru/companies/sberbank/articles/927244/

#биоинформатика