#анализ_днк — Public Fediverse posts

Кроим ДНК на Python — CRISPR gRNA finder, Часть II: Скоринг, off-target и реальный ген

В первой части мы написали базовый поиск gRNA с фильтрацией по GC-составу. Работает, но тупо: все кандидаты в диапазоне 40-60% считаются равнозначными. В реальности это не так. Сегодня добавим систему скоринга — будем ранжировать gRNA по качеству, учитывая позицию нуклеотидов и особенности U6-промотора. Потом подключим NCBI BLAST, чтобы проверять кандидатов на off-target: не порежет ли Cas9 что-нибудь лишнее в геноме. Тестировать будем на гене CCR5 — том самом, который отредактировал китайский учёный Хэ Цзянькуй в скандальном эксперименте 2018 года.

https://habr.com/ru/articles/982876/

#днк #cas9 #crispr #генетика #генная_инженерия #биоинформатика #биоинженерия #анализ_днк

Кроим ДНК на Python: CRISPR gRNA finder, Часть I: Введение и базовый поиск

Несколько лет назад я наткнулся на статью про CRISPR‑Cas9 и домашние биолаборатории — люди буквально у себя дома экспериментировали с редактированием генов. Я бэкенд‑разработчик, биологию последний раз открывал в школе, но желание разобраться никуда не делось. В этой статье разберёмся, как работает CRISPR на минимальном уровне, и напишем CLI‑утилиту на Python для поиска потенциальных guide RNA — «наводчиков» для молекулярных ножниц Cas9.

https://habr.com/ru/articles/982664/

#биоинформатика #биоинженерия #cas9 #crispr #днк #анализ_днк #чайникчайнику

Интеллектуальные технологии в биомедицине. Как AI и Data Science решают задачи науки

ИИ и Data Science уже стали неотъемлемой частью современной биомедицины: с их помощью исследуют микробиом человека, диагностируют болезни у животных и моделируют органы в 3D. В статье — прикладные проекты на стыке биологии, медицины и ветеринарии: от метагеномики и цифровых двойников до нейросетевого анализа поведения собак и платформы «Медцифра».

https://habr.com/ru/companies/mipt_digital/articles/926002/

#биоинформатика #визуализация_данных #агробио #метагеномика #микробиота #искусственный_интеллект #машинное_обучение #анализ_днк #цифровая_медицина #поведение_животных

Интеллектуальные технологии в биомедицине. Как AI и Data Science решают задачи науки

ИИ и Data Science уже стали неотъемлемой частью современной биомедицины: с их помощью исследуют микробиом человека, диагностируют болезни у животных и моделируют органы в 3D. В статье — прикладные проекты на стыке биологии, медицины и ветеринарии: от метагеномики и цифровых двойников до нейросетевого анализа поведения собак и платформы «Медцифра».

https://habr.com/ru/companies/mipt_digital/articles/926002/

#биоинформатика #визуализация_данных #агробио #метагеномика #микробиота #искусственный_интеллект #машинное_обучение #анализ_днк #цифровая_медицина #поведение_животных

Интеллектуальные технологии в биомедицине. Как AI и Data Science решают задачи науки

ИИ и Data Science уже стали неотъемлемой частью современной биомедицины: с их помощью исследуют микробиом человека, диагностируют болезни у животных и моделируют органы в 3D. В статье — прикладные проекты на стыке биологии, медицины и ветеринарии: от метагеномики и цифровых двойников до нейросетевого анализа поведения собак и платформы «Медцифра».

https://habr.com/ru/companies/mipt_digital/articles/926002/

#биоинформатика #визуализация_данных #агробио #метагеномика #микробиота #искусственный_интеллект #машинное_обучение #анализ_днк #цифровая_медицина #поведение_животных

Интеллектуальные технологии в биомедицине. Как AI и Data Science решают задачи науки

ИИ и Data Science уже стали неотъемлемой частью современной биомедицины: с их помощью исследуют микробиом человека, диагностируют болезни у животных и моделируют органы в 3D. В статье — прикладные проекты на стыке биологии, медицины и ветеринарии: от метагеномики и цифровых двойников до нейросетевого анализа поведения собак и платформы «Медцифра».

https://habr.com/ru/companies/mipt_digital/articles/926002/

#биоинформатика #визуализация_данных #агробио #метагеномика #микробиота #искусственный_интеллект #машинное_обучение #анализ_днк #цифровая_медицина #поведение_животных