#биоинженерия — Public Fediverse posts

Кроим ДНК на Python — CRISPR gRNA finder, Часть II: Скоринг, off-target и реальный ген

В первой части мы написали базовый поиск gRNA с фильтрацией по GC-составу. Работает, но тупо: все кандидаты в диапазоне 40-60% считаются равнозначными. В реальности это не так. Сегодня добавим систему скоринга — будем ранжировать gRNA по качеству, учитывая позицию нуклеотидов и особенности U6-промотора. Потом подключим NCBI BLAST, чтобы проверять кандидатов на off-target: не порежет ли Cas9 что-нибудь лишнее в геноме. Тестировать будем на гене CCR5 — том самом, который отредактировал китайский учёный Хэ Цзянькуй в скандальном эксперименте 2018 года.

https://habr.com/ru/articles/982876/

#днк #cas9 #crispr #генетика #генная_инженерия #биоинформатика #биоинженерия #анализ_днк

Кроим ДНК на Python: CRISPR gRNA finder, Часть I: Введение и базовый поиск

Несколько лет назад я наткнулся на статью про CRISPR‑Cas9 и домашние биолаборатории — люди буквально у себя дома экспериментировали с редактированием генов. Я бэкенд‑разработчик, биологию последний раз открывал в школе, но желание разобраться никуда не делось. В этой статье разберёмся, как работает CRISPR на минимальном уровне, и напишем CLI‑утилиту на Python для поиска потенциальных guide RNA — «наводчиков» для молекулярных ножниц Cas9.

https://habr.com/ru/articles/982664/

#биоинформатика #биоинженерия #cas9 #crispr #днк #анализ_днк #чайникчайнику

[Перевод] Способность голого землекопа к регенерации ДНК как путь к естественному долголетию человека

Верните мне мой 2014-тый. Когда только-только вникал в тематику биохакинга и трансгуманизма, новостные сайты пестрили материалами о чудо-звере – голом землекопе. Технически, это грызун, который живет в подземном мире и постоянно сражается за выживание. И живет, соответственно для грызуна, до 5 лет. Но если выдернуть его из агрессивной среды, то голый землекоп будет жить до 40 лет, что в несколько раз превосходит длительность жизни представителей этого вида. Причина? Невероятная регенерация и устойчивость к раку. Что можно присмотреть и для людей.

https://habr.com/ru/articles/956544/

#Голый_землекоп #ДНК #регенерация_ДНК #долголетие #продление_жизни #модификация_генома #функциональное_долголетие #геронтология #здоровье #биоинженерия

[Перевод] Гималайский гриб кордицепс и его соединение кордицепин. Прокачка антираковых свойств

Речь идет про соединение, полученное из кордицепса – кордицепин. Кордицепин использовался столетиями в китайской медицине и послужил отправной точкой для разработки нового химиотерапевтического препарата с мощным противораковым эффектом. Речь идет об усилении свойств кордицепина по проникновению в раковые клетки. Одно только это увеличило эффективность борьбы с раком в 40 раз.

https://habr.com/ru/articles/904924/

#кордицепс #кордицепин #гриб_кордицепс #рак #онко #раковая_опухоль #лечение_опухоли #биотехнологии #биоинженерия

[Перевод] Гималайский гриб кордицепс и его соединение кордицепин. Прокачка антираковых свойств

Речь идет про соединение, полученное из кордицепса – кордицепин. Кордицепин использовался столетиями в китайской медицине и послужил отправной точкой для разработки нового химиотерапевтического препарата с мощным противораковым эффектом. Речь идет об усилении свойств кордицепина по проникновению в раковые клетки. Одно только это увеличило эффективность борьбы с раком в 40 раз.

https://habr.com/ru/articles/904924/

#кордицепс #кордицепин #гриб_кордицепс #рак #онко #раковая_опухоль #лечение_опухоли #биотехнологии #биоинженерия

[Перевод] Гималайский гриб кордицепс и его соединение кордицепин. Прокачка антираковых свойств

Речь идет про соединение, полученное из кордицепса – кордицепин. Кордицепин использовался столетиями в китайской медицине и послужил отправной точкой для разработки нового химиотерапевтического препарата с мощным противораковым эффектом. Речь идет об усилении свойств кордицепина по проникновению в раковые клетки. Одно только это увеличило эффективность борьбы с раком в 40 раз.

https://habr.com/ru/articles/904924/

#кордицепс #кордицепин #гриб_кордицепс #рак #онко #раковая_опухоль #лечение_опухоли #биотехнологии #биоинженерия

[Перевод] Гималайский гриб кордицепс и его соединение кордицепин. Прокачка антираковых свойств

Речь идет про соединение, полученное из кордицепса – кордицепин. Кордицепин использовался столетиями в китайской медицине и послужил отправной точкой для разработки нового химиотерапевтического препарата с мощным противораковым эффектом. Речь идет об усилении свойств кордицепина по проникновению в раковые клетки. Одно только это увеличило эффективность борьбы с раком в 40 раз.

https://habr.com/ru/articles/904924/

#кордицепс #кордицепин #гриб_кордицепс #рак #онко #раковая_опухоль #лечение_опухоли #биотехнологии #биоинженерия

Evo-2: ИИ модель для генерации генома, которая знает все древо жизни

Evo 2 — крупномасштабная языковая модель (Large Language Model), обученная на корпусе из 9 триллионов токенов геномных последовательностей, охватывающих все домены жизни (бактерии, археи, эукариоты, вирусы бактериофагов и прочие).

https://habr.com/ru/articles/889304/

#искусственный_интеллект #биотехнологии #биоинженерия #генетика #evo2 #синтетическая_биология

Evo-2: ИИ модель для генерации генома, которая знает все древо жизни

Evo 2 — крупномасштабная языковая модель (Large Language Model), обученная на корпусе из 9 триллионов токенов геномных последовательностей, охватывающих все домены жизни (бактерии, археи, эукариоты, вирусы бактериофагов и прочие).

https://habr.com/ru/articles/889304/

#искусственный_интеллект #биотехнологии #биоинженерия #генетика #evo2 #синтетическая_биология

Evo-2: ИИ модель для генерации генома, которая знает все древо жизни

Evo 2 — крупномасштабная языковая модель (Large Language Model), обученная на корпусе из 9 триллионов токенов геномных последовательностей, охватывающих все домены жизни (бактерии, археи, эукариоты, вирусы бактериофагов и прочие).

https://habr.com/ru/articles/889304/

#искусственный_интеллект #биотехнологии #биоинженерия #генетика #evo2 #синтетическая_биология

Evo-2: ИИ модель для генерации генома, которая знает все древо жизни

Evo 2 — крупномасштабная языковая модель (Large Language Model), обученная на корпусе из 9 триллионов токенов геномных последовательностей, охватывающих все домены жизни (бактерии, археи, эукариоты, вирусы бактериофагов и прочие).

https://habr.com/ru/articles/889304/

#искусственный_интеллект #биотехнологии #биоинженерия #генетика #evo2 #синтетическая_биология

[Перевод] Эра «Живого» Интеллекта

Подробный перевод ежегодного обзора будущего технологий и тенденций развития от Future Today Institute - вышедшего в декабре 2024 года. Оригинал доклада "The Era of Living Intelligence" можно посмотреть ЗДЕСЬ . Авторы - Amy Webb и Sam Jordan.

https://habr.com/ru/articles/872984/

#стратегия #прогнозирование #будущее #искусственный_интеллект #живой_интеллект #биоинженерия #IoT #датчики #инновации #биотехнологии

Как победить рецидив: путеводитель по полю битвы с онкологией

Итак, дорогие читатели! Сейчас я обучаюсь на 4 курсе (бакалавр) на программиста (направление: Информатика и вычислительная техника) в семестре столкнулся с очень интересным исследовательским проектом, связанным с биоинформатикой! Вместе с заказчиком мы ему дали научное название: "Снижение рисков развития рецидива злокачественного новообразования" и отправляем в долгое плавание! На примере проекта-исследования мы хотим рассказать: где искать медицинские данные? Какого это с ними работать? Как правильно подходить к исследовательской задаче и многое другое. Вы даже сами сможете повторить наши результаты, и я уверен, что у вас получится даже лучше. Что приходит на ум, когда слышите слово "рецидив"? Правильно, возвращение того, от чего вы уже вроде как избавились. Для заболевших пациентов это слово внушает тревогу, а в онкологии и вовсе звучит как зловещий колокол. Но не бойтесь: сегодня мы не только посмеемся над этим монстром, но и узнаем, как ему дать отпор. Спойлер: с помощью науки и чуточки аналитики.

https://habr.com/ru/articles/866206/

#биоинформатика #биоинженерия #биоинформатические_алгоритмы #биология #генная_инженерия #генная_терапия #генетика #онкология #рак #неизлечимые_болезни

Гидрогель и табак: синтез живых материалов

Для создания чего-либо нужны соответствующие материалы, обладающие необходимыми химическими и физическими свойствами. Если же есть необходимость наделить материал свойствами, которыми он не мог обладать в своем первичном виде, необходимо заставить его структуру меняться в ответ на определенные стимулы. В синтетической биологии ученые пытаются внедрять живые клетки в материалы, заставляющие их расти. В большинстве таких исследований применяются бактериальные или грибковые клетки. Однако мало кто уделяет внимание клеткам растительного происхождения, ведь полученные с их помощью материалы обладают очень простой структурой и крайне ограниченным функционалом. Несмотря на эти недостатки, у растительных клеток есть большой потенциал. Ученые из Американского химического общества (Вашингтон, США) провели исследование, в ходе которого им удалось создать биочернило для 3D-принтера, в которое внедрены генетически модифицированные клетки растений, позволяющие программировать полученный материал. Какие именно клетки использовали ученые, какими свойствами обладали полученные материалы, и где может быть применена данная технология? Ответы на эти вопросы мы найдем в докладе ученых.

https://habr.com/ru/companies/ua-hosting/articles/812751/

#материалы #биоматериалы #ДНК #генномодифицированные_организмы #бактерии #растения #клетки #биоинженерия #синтетическая_биология #3dпечать #экология #химия

[Перевод] Интервью со Стефани Планк из Covalent Bioscience

Что такое старение? Мы можем определить его как процесс накопления молекулярных и клеточных повреждений, являющихся следствием нормального метаболизма. В то время как исследователи всё ещё плохо понимают, как метаболические процессы вызывают накопление повреждений, и как накопленные повреждения вызывают патологии, сами повреждения – структурные различия между старой и молодой тканью – классифицированы и изучены очень хорошо. Исправляя повреждения и восстанавливая прежнее – неповреждённое – юное состояние организма, мы реально омолодим его! Звучит очень многообещающе, и так оно и есть. И для некоторых видов повреждений (например, для сенесцентных клеток) показано, что оно работает! Сегодня в нашей виртуальной студии где-то между холодным дождливым Санкт-Петербургом и тёплым солнечным Хьюстоном, мы встречаем Стефани Планк! Для тех из вас, кто не знаком с ней, ниже краткая информация. Стефани Планк получила степень доктора философии в 2009 году в Медицинской школе Техасского университета в Хьюстоне за достижения в применении электрофильных аналогов белков для расшифровки полезных и вредных функциональных эффектов катател. Затем она расширила свое внимание к вакцинации и терапевтической идентификации катател с использованием запатентованных электрофильных аналогов мишеней. Её работы были опубликованы в 49 рецензируемых научных статьях, она выступала на многочисленных национальных и международных конференциях. В 2018 году она перешла на полную ставку в качестве соучредителя Covalent Bioscience , чтобы сосредоточиться на быстром воплощении их технологий электрофильных вакцин/катател в клиническую реальность.

https://habr.com/ru/articles/782092/

#биоинженерия #sens #омолаживающие_биотехнологии #омоложение #регенеративная_медицина

Биокомпьютер Brainoware, связывающий ИИ и органоиды мозга: обзор потенциального прорыва в сфере нейроморфной инженерии

Нейроморфная инженерия является инновационной областью исследований, объединяющей принципы когнитивных наук и передовые технологии. Вашему вниманию представлен обзор Brainoware, связующего звена мозговых органоидов и искусственного интеллекта. Мы вспоминаем о недостатках кремниевых чипов и даём краткий экскурс о суперкомпьютере, пытавшемся воспроизвести функционал человеческого мозга. Помимо этого подробно рассказываем об устройстве Brainoware, приводим результаты тестов, мнения учёных и исследователей, а также пытаемся посмотреть за горизонты вычислительных технологий. Приглашаем к прочтению!

https://habr.com/ru/companies/bothub/articles/781418/

#ии #биоинженерия #нейробиология #ai #биотехнологии