#pymol — Public Fediverse posts

My protein does not feel well.

#compchem #model #protein #pymol

🧬 Can we turn evolutionary signatures into maps of protein function?

🔗 Analysis of Fbox substrate adapter proteins using ProteoSync, a program for projection of evolutionary conservation onto protein atomic coordinates. Computational and Structural Biotechnology Journal, DOI: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2025.09.012

📚 CSBJ: https://www.csbj.org/

#ProteinScience #StructuralBiology #ProteoSync #ComputationalBiology #Bioinformatics #EvolutionaryBiology #MolecularBiology #PyMOL

🧬 Can we turn evolutionary signatures into maps of protein function?

🔗 Analysis of Fbox substrate adapter proteins using ProteoSync, a program for projection of evolutionary conservation onto protein atomic coordinates. Computational and Structural Biotechnology Journal, DOI: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2025.09.012

📚 CSBJ: https://www.csbj.org/

#ProteinScience #StructuralBiology #ProteoSync #ComputationalBiology #Bioinformatics #EvolutionaryBiology #MolecularBiology #PyMOL

🧬 Can we turn evolutionary signatures into maps of protein function?

🔗 Analysis of Fbox substrate adapter proteins using ProteoSync, a program for projection of evolutionary conservation onto protein atomic coordinates. Computational and Structural Biotechnology Journal, DOI: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2025.09.012

📚 CSBJ: https://www.csbj.org/

#ProteinScience #StructuralBiology #ProteoSync #ComputationalBiology #Bioinformatics #EvolutionaryBiology #MolecularBiology #PyMOL

🧬 Can we turn evolutionary signatures into maps of protein function?

🔗 Analysis of Fbox substrate adapter proteins using ProteoSync, a program for projection of evolutionary conservation onto protein atomic coordinates. Computational and Structural Biotechnology Journal, DOI: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2025.09.012

📚 CSBJ: https://www.csbj.org/

#ProteinScience #StructuralBiology #ProteoSync #ComputationalBiology #Bioinformatics #EvolutionaryBiology #MolecularBiology #PyMOL

Oh man. Ich weiß auch nicht, warum die Betreuung von Promovierenden so viel Spaß macht.

Aber das gemeinsame Brainstorming und Probleme lösen, das fetzt einfach total.

Hat alles voll die Sogwirkung. Und mit jedem Paper und weiteren Tool tut sich direkt ein neues Rabbit Hole auf. 😅😂🫣

Aktuell betreue ich eine Doktorandin, die Proteinsimulation macht.

#Gromacs #Alphafold #PyMOL

Oh man. Ich weiß auch nicht, warum die Betreuung von Promovierenden so viel Spaß macht.

Aber das gemeinsame Brainstorming und Probleme lösen, das fetzt einfach total.

Hat alles voll die Sogwirkung. Und mit jedem Paper und weiteren Tool tut sich direkt ein neues Rabbit Hole auf. 😅😂🫣

Aktuell betreue ich eine Doktorandin, die Proteinsimulation macht.

#Gromacs #Alphafold #PyMOL

Oh man. Ich weiß auch nicht, warum die Betreuung von Promovierenden so viel Spaß macht.

Aber das gemeinsame Brainstorming und Probleme lösen, das fetzt einfach total.

Hat alles voll die Sogwirkung. Und mit jedem Paper und weiteren Tool tut sich direkt ein neues Rabbit Hole auf. 😅😂🫣

Aktuell betreue ich eine Doktorandin, die Proteinsimulation macht.

#Gromacs #Alphafold #PyMOL

Oh man. Ich weiß auch nicht, warum die Betreuung von Promovierenden so viel Spaß macht.

Aber das gemeinsame Brainstorming und Probleme lösen, das fetzt einfach total.

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Aktuell betreue ich eine Doktorandin, die Proteinsimulation macht.

#Gromacs #Alphafold #PyMOL

Oh man. Ich weiß auch nicht, warum die Betreuung von Promovierenden so viel Spaß macht.

Aber das gemeinsame Brainstorming und Probleme lösen, das fetzt einfach total.

Hat alles voll die Sogwirkung. Und mit jedem Paper und weiteren Tool tut sich direkt ein neues Rabbit Hole auf. 😅😂🫣

Aktuell betreue ich eine Doktorandin, die Proteinsimulation macht.

#Gromacs #Alphafold #PyMOL

#OpenSource multicolor #3Dprinted #molecular #orbital models for a 1st semester organic #chemistry course:

- #classroom-acessible MO theory
- transition state understanding
- #PyMOL- / #Blender-exported .stl files

https://doi.org/10.1021/acs.jchemed.4c00945
#DIYchem #lab #tools #education #CompChem #STEM #Chemie #Schule #MINT

Slide from my talk "Open Science for Medicine and Society" at Komazawa university. Using GNU Health to select a BRCA1 variant involved in breast #cancer and the 3D representation of the BRCT domain using PyMOL.
Having access to the latest scientific evidence makes a huge difference in patients, yet medical research is being dismantled by #corporatocracy.
Medicine and society evolves not because of the bullshit hype of AI, but because of the effort and talent of the men and women behind these projects. Respect :anarchoheart3: 🩺
#UniProt #HUGO #GNUHealth #PyMOL #NIH #genomics #OpenScience

Haven't found a solution to the problem yet. You'd expect something so simple shouldn't be that difficult to find.

Is there a way for me to manually rotate these molecules and align them?

I can align them in PyMol, but the alignment is not done how I want it done.

When I open both, select A, rotate A into the desired position, then select B, and rotate B, A has changed orientation.

Anybody any suggestions for manual alignment of small molecules?

#PyMol #chemistry #smallmolecules #ligands

Is there a way for me to manually rotate these molecules and align them?

I can align them in PyMol, but the alignment is not done how I want it done.

When I open both, select A, rotate A into the desired position, then select B, and rotate B, A has changed orientation.

Anybody any suggestions for manual alignment of small molecules?

#PyMol #chemistry #smallmolecules