#variantsoup — Public Fediverse posts
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#CovidDispatch from #NYC: I’m hearing anecdotes about recent/current #COVID infections, and symptoms that appear to characterize the newest #VariantSoup are respiratory in nature. Specifically:
Bad cough; “water in lungs” feeling; trouble taking deep breaths; lung congestion.
Since almost any symptom could be caused by #covid19 these days, stay alert and continue being #CovidSafe!
#CovidIsNotOver #CovidIsAirborne
#WearARespirator
#UpgradeYourMask #SarsCov2 #ThisIsOurPolio @novid -
On en attendait un chinois, voici un BA.5.2 danois.
BA.5.2.46▶️Orf1b:T1050N + Orf1a:K510E + S:N460K + S:K444T
BA.5.2.46(.1)▶️+ Orf1a:D203ND'un coup, ce variant acquiert la meilleure mutation de replication virale (+ une autre dans un potentiel sous variant japonais, pas encore désigné), et 2 mutations d'échappement immunitaire ++
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2 mois après son apparition, comeback de CK.1 (BA.5.2.24*).
CK.1.1▶️CK.1 + S:Y144del + S:N856S
▶️S:144del: La meilleure mutation d'infectivité
▶️S:886S: Beaucoup de mutations récemment en 882-889. dans et autour du FFPR Spike (fusion cellulaire)Ce variant dispose aussi des 4 mutations d'échappement immunitaire ++ lui venant de son ancêtre
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XBB.4▶️XBB + S:K444R
Cette mutation est la seconde meilleure mutation d'échappement immunitaire connue aujourd'hui.
Tous ces XBB sont présents en France aujourd'hui, à bas bruit, attendant que leur heure vienne, peut-être.
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XBB.2▶️XBB + S:D253G
Mutation de la boucle N5 du NTD Spike (la "clé" ACE2). Vue dans Iota, qui a ravagé New York début 2021 avant l'arrivée de Delta.
XBB.3▶️XBB + ORF1b:I1988V
Mutation inconnue sur le RdRp NSP12 (agit sur la réplication/transcription)
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La star du moment :
XBB.1.5▶️XBB.1 + S:S486P
Le passage (qui se fait toujours en 2 étapes : S puis V) à la purine en S:486 donne le plus gros avantage d'échappement immunitaire connu à ce jour.
Cela peut expliquer son apparente dominance sur le reste de la famille.
Un sous-variant a peut-être été repéré hier, aux USA, avec une mutation S:K143H. Elle ajouterait un avantage supplémentaire d'infectivité.
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XBB.1.2 et 3 ne sont pas intéressants pour le moment. On verra avec leurs éventuels sous-variants.
XBB.1.4▶️XBB.1 + S:T883I
Mutation des BA.5* de l'été 2021. Donne un avantage de croissance
XBB.1.4.1▶️+ S:S673G
Mutation à l'extrémité du furine cleavage site de la protéine spike. La même à l'autre bout (686), accroit, expérimentalement et in vitro, la transmission de +100%.
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XBB.1▶️XBB + S:G252V
Une autre mutation du NTD spike améliorant l'infectivité du virus.
XBB.1.1▶️+ ORF1a:P309L
Vue dans Delta, mutation Nsp1 renforçant le détournement de nos cellules au profit de la réplication virale.
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XBB se retrouve avec 5 mutations Spike améliorant l'affinité aux recepteurs ACE2 (dont Y144del, la meilleure), et donc l'infectivité du virus, 3 mutations d'échappement immunitaire ++ (346T, 460K, 486S), 3 mutations d'EI + (445P, 446S, 490S), et deux standard.
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XBB est un recombinant de BJ.1 (branche BA.2.10), et de BM.1.1.1 (branche BA.2.75.3) avec une cassure en Spike, repéré le 12 septembre. La majeure partie du virus, après la cassure, provient de BM.1.1.1.
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THREAD XBB
XBB.1.5 vient d'obtenir un surnom, Kraken.
P̈révalent à New York, il y booste une forte vague.
Il est récemment apparu en France, en faible nombre, dans 4 régions
Les XBB pouvant causer une de nos prochaines vagues, ils méritent une petite synthèse.
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BF.5.2▶️BF.5 + S:V445A + ORF1a:I2873V
▶️S:V445A : Échappement immunitaire +
▶️ORF1a:I2873V (Nsp3:I416V) : mutation du SUD-N domain de Nsp3, essentiel à la replication.Ces variants boostent la vague au Japon, qui rapporte des troubles intestinaux et rénaux.
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THREAD
BF.5, dégouté d'avoir été grillé par BF.7*, contre-attaque
BF.5.1▶️BF.5 + S:R346T
▶️S:R346T : Échappement Immunitaire ++
Très présent au Japon, mais tapi dans l'ombre en France, aussi.
Pareil pour le suivant ci-dessous. -
Clade BQ.1, encore (Grande Bretagne, Belgique)
DP.1▶️BQ.1.1.8 + S:A352S
▶️S:A352S : mutation fréquente. Ajout d'un léger avantage d'échappement immunitaire.
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Clade BQ.1. Progression rapide. Présent en France
BQ.1.13▶️BQ.1 + ORF1a:V627I (Nsp2)
BQ.1.13.1▶️ + S:F157LNsp2:V84I : Mutation vue dans BW.1 (récente vague Mexique). Améliore l'inhibition des interférons type I
S:F157L: mutation NTD spike boucle N3 (hausse de l'affinité ACE2 / infectivité) -
BQ.1* est upgradé en clade, et continue d'évoluer.
DN.1▶️BQ.1.1.5 + S:K147N
DN.1.1▶️+ ORF1a:R2159W▶️S:K147N:↗️d'infectivité (mutation NTD Spike boucle 3, accroît l'affinité aux récepteurs ACE2)
▶️Orf1a:R2159W : Mutation BSM du Nsp3, interaction inconnue avec Nsp4, 6, 12, et ORF7aEurope. Progression TRÈS rapide.
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▶️Orf3a:A54V est le retour d'une mutation de la souche Wuhan arrivée très tôt en 2020. Orf3a, propre aux SARS, joue plusieurs rôles, dont un pathogène inflammatoire (cytokine storm).
Voir réapparaître des mutations de début 2020 dessus n'est jamais rassurant.
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▶️Les mutations en 852-859 (fusion peptide proximal région) S2 de Spike sont convergentes depuis peu, mais apparaissent aussi dans des mutations d'immunodeprimés chroniques. Leur avantage peut-être sur la fusion cellulaire.
Ce variant progresse rapidement.
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THREAD nouveau variant
BQ.1.25 devient brutalement intéressant (Amerique, Australie)
BQ.1.25▶️BQ.1 + S:R346T
BQ.1.25.1▶️BQ.1.25 + S:L858I + ORF3a:A54V▶️S:R346T l'amène au niveau de BQ.1.1 en échappement immunitaire.
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Nouveau variant :
Sur la branche BA.5.1.25* :
DJ.1.3▶️DJ.1 + S:N460K + ORF1ab:T6098A
4 mutations d'échappement immunitaire ++
2 mutations d'échappement immunitaire +▶️ORF1ab:T6098A : Mutation inédite dans l'ExoN de NSP14, système de correction d'erreurs à la réplication qui gène la recherche d'antiviraux
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#SARSCoV2 #Convergent #Lineages ( aka #VariantSoup) over time - Globally | #30DayTrends
Top 10 lineages -Global:
BQ.1.1 (#Cerberus), BQ.1 (#Typhon), XBB.1, BQ.1.22, CH.1.1, BN.1.3, BQ.1.2, BQ.1.1.4, BQ.1.1.18, XBB.1.5Updated 12/21/22
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#SARSCoV2 #Convergent #Lineages ( aka #VariantSoup) over time - Globally | #30DayTrends
Top lineages: BQ.1.1 (#Cerberus), BQ.1 (#Typhon), XBB.1, BQ.1.22, CH.1.1, BQ.1.2, BN.1.3, BQ.1.1.4, BQ.1.1.18, BN.1.3.1
Updated 12/14/22
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#SARSCoV2 #Convergent #Lineages ( aka #VariantSoup) over time - Globally | #30DayTrends
Top lineages: BQ.1.1 (#Cerberus), BQ.1 (#Typhon), XBB.1, BQ.1.22, BN.1.3, BQ.1.2, BN.1, BN.1.3.1, BQ.1.1.18, BQ.1.1.4, CH.1.1
Updated 12/03/22
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#SARSCoV2 #Convergent #Lineages ( aka #VariantSoup) over time - Globally | #30DayTrends
Top lineages: BQ.1.1 (#Cerberus), BQ.1 (#Typhon), XBB.1 (#Hippogryph), BN.1.3, BQ.1.22, BQ.1.2, XBB.1.1, BQ.1.8, BN.1 (#Hydra)
Updated 11/26/22
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#SARSCoV2 #Convergent #Lineages ( aka #VariantSoup) over time - Globally | #30DayTrends
Top lineages: BQ.1.1 (#Cerberus), BQ.1 (#Typhon), XBB.1 (#Hippogryph), BQ.1.8, BQ.1.2, XBB.1.1, BQ.1.22, BN.1.3, BQ.1.3, BN.1 (#Hydra)
Updated 11/19/22
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#SARSCoV2 #Convergent #Lineages ( aka #VariantSoup) over time - Globally | #30DayTrends
Top lineages: BQ.1.1 (#Cerberus), BQ.1 (#Typhon), XBB.1 (#Hippogryph), BQ.1.8, XBB.1.1, BQ.1.2, BQ.1.22, BN.1.3, BN.1 (#Hydra)
Updated 11/15/22
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#SARSCoV2 #Convergent #Lineages ( aka #VariantSoup) over time - Globally | #30DayTrends
Top lineages: BQ.1.1 (#Cerberus), BQ.1 (#Typhon), BN.1.3, XBB.1.1, XBB.1 (#Hippogryph), BQ.1.8, BQ.1.2, BA.2.75.2 (#Chiron), BN.1 (#Hydra)
Updated 11/11/22