#pappso — Public Fediverse posts

📍 Journées Omiques Végétales

Les plateformes omiques végétales du plateau de Saclay organisent les 22 et 23 juin 2026 un colloque dédié aux approches qu’elles développent : “Les Journées des Omiques Végétales”.

Ce colloque sera articulé autour de présentations entre le 22 juin après-midi et le 23 juin, couvrant des projets innovants menés par des utilisateurs en collaboration avec nos plateformes, les différentes technologies proposées par les plateformes, et aussi les derniers développements technologiques du domaine. Une visite des plateformes et des discussions avec leurs membres vous sont proposées le 23 juin après-midi.

https://www.ideev.universite-paris-saclay.fr/news/2026/04/journ%C3%A9es-des-omiques-v%C3%A9g%C3%A9tales-les-22-et-23-juin-2026/

#omique #pappso #biologie

PROTÉOME PEPTIDOME VERT days, the 1rst and 2th of june 2026 at Grenoble Alpes University

#PAPPSO #Proteomics #Peptidomics

http://pappso.inrae.fr/en/news/2026/02/proteome-peptidome-vert-days-the-1rst-and-2th-of-june-2026-at-grenoble-alpes-university/

PAPPSO strengthens its commitment to agroecology with the acquisition of an Astral Orbitrap at its Gif-sur-Yvette site.

#PAPPSO #OrbitrapMassSpectrometry #Proteomics

http://pappso.inrae.fr/en/news/2026/01/pappso-strengthens-its-commitment-to-agroecology-with-the-acquisition-of-an-astral-orbitrap-at-its-gif-sur-yvette-site./

PAPPSO rejoint l’infrastructure nationale en protéomique ProFI.

#PAPPSO

http://pappso.inrae.fr/news/2026/01/pappso-rejoint-linfrastructure-nationale-en-proteomique-profi./

Elle travaille à l'IDEEV : Mélisande Blein-Nicolas, ingénieure de recherche à GQE

➡️ https://www.ideev.universite-paris-saclay.fr/news/2025/08/elle-travaille-%C3%A0-lideev-m%C3%A9lisande-blein-nicolas-ing%C3%A9nieure-de-recherche-%C3%A0-gqe/

#IDEEV #gqelemoulon #pappso #proteome #proteine #gestion #melisandebleinnicolas @inrae_france @cnrs @agroparistech @univparissaclay

Elle travaille à l'IDEEV : Mélisande Blein-Nicolas, ingénieure de recherche à GQE

#IDEEV #gqelemoulon #pappso #proteome #proteine #gestion #melisandebleinnicolas @inrae_france @cnrs @agroparistech @univparissaclay

https://www.ideev.universite-paris-saclay.fr/news/2025/08/elle-travaille-%C3%A0-lideev-m%C3%A9lisande-blein-nicolas-ing%C3%A9nieure-de-recherche-%C3%A0-gqe/

Our R package MCQR is published!

#PAPPSO #Rpackage #statistics #SoftwarePublication #proteomics

http://pappso.inrae.fr/news/2025/06/our-r-package-mcqr-is-published/

Des Plantes et des Hommes en visite à GQE-Le Moulon

Retour sur les visites de classes de lycée de février et mars 2025. Au programme des rencontres avec chercheurs et ITA, des jeux, des ateliers, beaucoup d'échanges

➡️ https://moulon.inrae.fr/news/2025/05/des-plantes-et-des-hommes-en-visite-%C3%A0-gqe-le-moulon/

#sps #mediation #plantes #meiose #biologiemoleculaire #pappso #proteome @olangella

Des Plantes et des Hommes en visite à GQE-Le Moulon

Retour sur les visites de classes de lycée de février et mars 2025. Au programme des rencontres avec chercheurs et ITA, des jeux, des ateliers, beaucoup d'échanges

➡️ https://moulon.inrae.fr/news/2025/05/des-plantes-et-des-hommes-en-visite-%C3%A0-gqe-le-moulon/

#sps #mediation #plantes #meiose #biologiemoleculaire #pappso #proteome @olangella

Des Plantes et des Hommes en visite à GQE-Le Moulon

Retour sur les visites de classes de lycée de février et mars 2025. Au programme des rencontres avec chercheurs et ITA, des jeux, des ateliers, beaucoup d'échanges

➡️ https://moulon.inrae.fr/news/2025/05/des-plantes-et-des-hommes-en-visite-%C3%A0-gqe-le-moulon/

#sps #mediation #plantes #meiose #biologiemoleculaire #pappso #proteome @olangella

Journées des OMIQUES VEGETALES les 23 et 24 juin 2025 à l'IDEEV.

#PAPPSO #omiques #transcriptomique #proteomique #metabolomique #animation #science

http://pappso.inrae.fr/news/2025/03/journees-des-omiques-vegetales-les-23-et-24-juin-2025-a-lideev./

Journées du Protéome Vert les 26 et 27 mai 2025 au centre INRAe de Dijon, 27 rue Sully.

#PAPPSO #proteomique #animation #plantes

http://pappso.inrae.fr/news/2025/03/journees-du-proteome-vert-les-26-et-27-mai-2025-au-centre-inrae-de-dijon-27-rue-sully./

i2MassChroQ 1.0.23 is out !
It comes with full support for the Sage identification software, an easy GUI to filter results on PSM and protein FDR.
It also includes MCQR 1.0.1 for post quantification statistical analysis (article submitted).
#debian packages available along with Windows version.

#proteomics
#PAPPSO

http://pappso.inrae.fr/bioinfo/i2masschroq/

@coucoulesplantes alors attention, ça manque de poésie.
Un échantillon de plante, ça nous donne plusieurs gigagoctets de données. Ce sont des listes de masses et d'intensité.
En fouillant là dedans, on peut trouver les empreintes de peptides (des morceaux de protéines).
Si on visualise ces données... voir post suivant ;)

https://fr.wikipedia.org/wiki/Prot%C3%A9omique
#proteomique
#PAPPSO

@coucoulesplantes alors attention, ça manque de poésie.
Un échantillon de plante, ça nous donne plusieurs gigagoctets de données. Ce sont des listes de masses et d'intensité.
En fouillant là dedans, on peut trouver les empreintes de peptides (des morceaux de protéines).
Si on visualise ces données... voir post suivant ;)

https://fr.wikipedia.org/wiki/Prot%C3%A9omique
#proteomique
#PAPPSO

@coucoulesplantes alors attention, ça manque de poésie.
Un échantillon de plante, ça nous donne plusieurs gigagoctets de données. Ce sont des listes de masses et d'intensité.
En fouillant là dedans, on peut trouver les empreintes de peptides (des morceaux de protéines).
Si on visualise ces données... voir post suivant ;)

https://fr.wikipedia.org/wiki/Prot%C3%A9omique
#proteomique
#PAPPSO

https://www.ideev.universite-paris-saclay.fr/seminaires/2025/01/les-journ%C3%A9es-ideev-2025-1%C3%A8re-journ%C3%A9e/

#IDEEV #PAPPSO #ParisSaclayUniversity

The #proteobench project from #eubic is evolving fast.

There are new results available online for the DDA module.

We present our results for i2MassChroQ #PAPPSO compared to other workflows in #proteomics :

http://pappso.inrae.fr/en/news/2024/12/i2masschroq-results-in-proteobench

I've uploaded a new result file in #ProteoBench from @EuBIC_MS

The new results shows how #PAPPSO i2MassChroQ performs compared to other software on the same dataset.

This time, DDA quantification was made without match between run. We can see more features than using MaxQuant+Andromeda with match between run. incredible.

https://proteobench.cubimed.rub.de/DDA%20Quant%20Ion%20Level%20-BETA-

#proteomics

A new version of the #proteomics software suite [i2MassChroQ](http://pappso.inrae.fr/bioinfo/i2masschroq/) is available on the #PAPPSO website.

There is a complete support for the SAGE identification engine json files.

Le conseil scientifique des utilisateurs de #PAPPSO (Plateforme d'Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest) se tiendra le 23 septembre 2024 en visio

Plus d'informations sur le site de la plateforme

http://pappso.inrae.fr/news/2024/09/le-conseil-scientifique-des-utilisateurs-de-pappso-se-tiendra-le-23-septembre-2024-en-visio/

on stage now for the plant #proteomics session of #SMAP2024,
Mélisande Blein-Nicolas (#PAPPSO #IDEEV) presents :

Integration of phenomic, proteomic, and genomic data into a multi-scale network unravels missing heritability for maize response to water deficit

special keynote on #metaproteomics at #SMAP2024 from Céline Henry (#PAPPSO)

"State of art and challenges in Metaproteomic"

Hi there,
will you be at #SMAP2024 ?

here is the program https://www.smap2024.inviteo.fr/index.php?langue=en&onglet=13&acces=&idUser=&emailUser=&messageConfirmation=

I will be there and especially monday morning for "WS1 Revisiting old and testing new AI-based informatics tools for peptide identification from MS/MS spectra".

I will talk of i2MassChroQ #PAPPSO and specific developments for the TimsTOF pro native data support.

#proteomics #bioinformatics

i2MassChroQ #PAPPSO is integrated in #ProteoBench thanks to the effort of the whole team !
We have pretty good results on this dataset.

https://proteobench.cubimed.rub.de/DDA%20Quant%20Ion%20Level%20-BETA-

#proteomics

see you soon at SMAP 2024 Lille !

There will be a workshop on i2MassChroQ

A new version of the #PAPPSO tool for DDA quantitative proteomics i2MassChroQ (http://pappso.inrae.fr/bioinfo/i2masschroq/) is available.
The publication is available here https://hal.science/hal-04645948 . It has a full open source stack for the TimsTOF binary data (no vendor's DLL).

We are currently working to integrate SAGE identification results.

#proteomics