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Il superbatterio che ha conquistato gli ospedali in silenzio: la genomica ricostruisce mezzo secolo di Acinetobacter baumannii
Non tutte le epidemie fanno rumore. Alcune si costruiscono in silenzio, corsia dopo corsia, decennio dopo decennio, fino a diventare endemiche prima ancora di essere riconosciute come emergenza. È il caso di Acinetobacter baumannii, il bacillo Gram-negativo opportunista che oggi rappresenta uno dei patogeni più temuti nelle terapie intensive di tutto il mondo. Un nuovo studio internazionale, pubblicato il 2 luglio 2026 sulla rivista Microbial Genomics della Microbiology Society, ne ricostruisce per la prima volta la traiettoria evolutiva su una scala temporale di oltre cinquant’anni, dagli anni Settanta fino ai giorni nostri.
Il disegno dello studio: mezzo secolo di genomi a confronto
Il gruppo di ricerca, guidato da Matthew Neil e Benjamin A. Evans della Norwich Medical School dell’Università dell’East Anglia, in collaborazione con l’Università di Sherbrooke (Canada) e l’Università Nazionale Autonoma del Messico, ha affrontato un problema metodologico non banale: la maggior parte delle collezioni genomiche di A. baumannii disponibili copre solo gli ultimi 15-20 anni, un intervallo troppo breve per osservare l’evoluzione della resistenza nella sua reale profondità storica.
Per superare questo limite, i ricercatori hanno recuperato 226 isolati storici, conservati in collezioni di laboratorio tra gli anni Settanta e i primi anni Duemila, sottoponendoli a sequenziamento con tecnologia a lettura lunga (long-read) per ottenere cromosomi assemblati ad alta qualità. Questi genomi “d’archivio” sono stati poi integrati con le sequenze pubblicamente disponibili, costruendo un dataset finale di 1.281 cromosomi provenienti da isolati raccolti su sei continenti — una delle basi di dati filogenomiche più ampie mai assemblate per questo patogeno. Attraverso una filogenesi depurata dagli effetti della ricombinazione genica e incrociata con i dati di presenza/assenza dei geni di resistenza antimicrobica, gli autori hanno potuto tracciare l’evoluzione genomica del clone internazionale 2 (IC2), il lignaggio di A. baumannii oggi dominante a livello globale.
Un’evoluzione a ondate, con uno spartiacque intorno al 2005
Il risultato centrale dello studio è la dimostrazione che il clone IC2 non si è imposto con un salto improvviso, ma attraverso un accumulo progressivo e “a ondate” di determinanti genetici, ciascuna ondata corrispondente a varianti via via più resistenti. Il punto di svolta cruciale è stato individuato attorno al 2005, quando il ceppo multiresistente è diventato il lignaggio predominante a livello mondiale — una transizione che coincide temporalmente con l’acquisizione di due elementi genetici chiave: il gene oxa23, che codifica una carbapenemasi capace di inattivare i carbapenemi (la classe di antibiotici spesso considerata l’ultima linea di difesa nelle infezioni Gram-negative gravi), e l’elemento AbGRI3, una regione genomica di resistenza che veicola ulteriori determinanti di resistenza agli aminoglicosidi.
«Sappiamo che i batteri che causano infezioni nell’uomo possono adattarsi agli antibiotici che usiamo per curarle, rendendoli inefficaci. Comprendere come Acinetobacter baumannii si sia evoluto fino a diventare una minaccia così temibile è fondamentale per fermarne la diffusione» – ha spiegato Evans, primo autore corrispondente dello studio.
Il gene oxa23, in particolare, ha rappresentato secondo gli autori «il punto di svolta», perché ha potenziato in modo determinante la capacità del batterio di sopravvivere ai trattamenti standard.
Non un solo Acinetobacter, ma almeno quattro lignaggi distinti
Un secondo risultato, meno atteso, riguarda la struttura interna del clone IC2. L’analisi ha rivelato che, dietro l’etichetta unica di “IC2”, si nascondono almeno quattro gruppi evolutivi geneticamente distinti. Tre di questi (gruppi 1, 2 e 3) rappresentano un percorso di evoluzione incrementale e graduale del cromosoma batterico nel tempo. Il quarto gruppo, invece, appare essersi ramificato in modo indipendente dal lignaggio principale, con un’origine più recente e una frequenza di isolamento in costante crescita nei campioni degli ultimi anni.
«Questo gruppo sembra essersi ramificato indipendentemente e viene rilevato con maggiore frequenza nei campioni recenti. Ciò significa che una variante più recente e potenzialmente meglio adattata potrebbe essere già in crescita» – ha sottolineato Evans.
È una osservazione che sposta l’attenzione dalla semplice fotografia del presente a una sorveglianza genomica prospettica: se un sottolignaggio emergente sta guadagnando terreno, intercettarlo precocemente potrebbe fare la differenza tra un contenimento efficace e una nuova ondata di diffusione globale.
Perché la storia evolutiva conta per la sanità pubblica
Il valore dello studio, secondo gli stessi autori, non si esaurisce nella ricostruzione storica. Comprendere le tappe attraverso cui un patogeno acquisisce resistenza consente in linea di principio di anticiparne le strategie evolutive future e di calibrare più efficacemente le politiche di uso degli antibiotici, limitando quell’impiego improprio che favorisce la selezione dei ceppi resistenti.
«Comprendere come i batteri resistenti rispondano ai cambiamenti nell’uso degli antibiotici è essenziale per orientare le politiche sanitarie del futuro. Per batteri come Acinetobacter baumannii abbiamo bisogno di nuovi approcci: altrimenti le infezioni diventeranno incurabili» – ha concluso Evans.
«Questo studio dimostra come un importante superbatterio ospedaliero si sia evoluto nel corso dei decenni, adattandosi silenziosamente e diffondendosi a livello globale. Comprendere questi cambiamenti è fondamentale per rimanere un passo avanti» – un commento condiviso da Sadhana Sharma, responsabile del programma sulla resistenza antimicrobica dello UKRI-Biotechnology and Biological Sciences Research Council, che ha finanziato parte della ricerca.
Il contesto italiano: tra i più alti tassi di resistenza in Europa
Per un lettore italiano, questo studio non è un esercizio accademico lontano dalla pratica clinica quotidiana. I dati della sorveglianza nazionale AR-ISS, coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità, collocano l’Italia tra i Paesi europei con la maggiore diffusione di Acinetobacter spp. resistente ai carbapenemi: nel 2024 la resistenza ai carbapenemi in questo genere si è attestata al 74,3% degli isolati, con una multiresistenza combinata (carbapenemi, aminoglicosidi e fluorochinoloni) del 69,7%; nei soli reparti di terapia intensiva, la resistenza ai carbapenemi ha raggiunto l’86,8%. Sono valori in lieve calo rispetto agli anni precedenti, ma comunque tra i più elevati d’Europa secondo i confronti EARS-Net, ed è precisamente il ceppo IC2 descritto dallo studio a dominare la scena epidemiologica in gran parte dei Paesi del Sud Europa, Italia compresa.
Commento editoriale
Chi lavora in un reparto di Medicina Interna con pazienti anziani, pluripatologici e spesso provenienti da lunghe degenze o da altre strutture sanitarie, l’Acinetobacter baumannii non lo incontra come una curiosità di laboratorio ma come un problema di gestione quotidiana. È il batterio che ti aspetti in un paziente ventilato meccanicamente, in una piaga da decubito infetta che non risponde alla terapia empirica, in una batteriemia da catetere in un ospite fragile trasferito da un’altra struttura. E quando arriva il referto microbiologico con il pattern di resistenza, la sensazione — che questo studio conferma con eleganza genomica — è quella di misurarsi con un avversario che si è preparato per decenni, non con un’emergenza improvvisa.
Il dato che trovo più utile da comunicare ai colleghi è la cronologia: il salto di qualità del 2005, legato all’acquisizione di oxa23, non è un dettaglio da genetisti, è la spiegazione molecolare di perché negli ultimi vent’anni le nostre opzioni terapeutiche empiriche per le infezioni Gram-negative gravi si siano progressivamente ristrette. Sapere che la resistenza si è costruita per accumulo graduale, e non per un evento singolo, dovrebbe renderci più consapevoli che il fenomeno è tuttora in movimento: il quarto lignaggio emergente descritto dagli autori, con la sua traiettoria evolutiva indipendente, è un promemoria che l’antibiotico-resistenza non è un problema risolto o stabilizzato, ma un processo darwiniano che continua sotto i nostri occhi, isolato dopo isolato.
Sul piano pratico, la lezione per la corsia è duplice. La prima riguarda la diagnostica e il timing: in un paziente ad alto rischio (ventilazione meccanica, degenza prolungata, precedente colonizzazione documentata, provenienza da strutture con alta endemia), l’attesa dell’antibiogramma completo non deve ritardare l’attivazione precoce dei protocolli di isolamento da contatto e delle misure di controllo dell’infezione: con tassi di resistenza ai carbapenemi superiori all’85% nelle nostre terapie intensive, il sospetto clinico deve muoversi più rapidamente della conferma microbiologica. La seconda riguarda la responsabilità prescrittiva: ogni ciclo antibiotico non necessario, ogni terapia empirica prolungata oltre il ragionevole, è un contributo — piccolo ma reale — alla pressione selettiva che ha permesso a questo patogeno di vincere, ondata dopo ondata, la corsa evolutiva contro i nostri farmaci. La stewardship antimicrobica, di cui parliamo spesso in termini un po’ astratti nei corsi di aggiornamento, trova in questo studio una delle sue giustificazioni scientifiche più chiare: la resistenza non nasce nel nulla, nasce dalle nostre scelte terapeutiche di oggi, replicate su scala di popolazione e di decenni.
Neil, M., Grenier, F., Allard, N., Langridge, G. C., Castillo-Ramírez, S., Haraoui, L.-P., & Evans, B. A. (2026). New isolates from the 1970s to early 2000s provide insights into the evolution of Acinetobacter baumannii international clone 2 and its resistome. Microbial Genomics, 12(7), 001752. https://doi.org/10.1099/mgen.0.001752 https://doi.org/10.1099/mgen.0.001752
Trinchella, G. (2026, 4 luglio). Il superbatterio che ha “conquistato” gli ospedali in silenzio: ricostruita la storia dell’Acinetobacter resistente agli antibiotici. Il Fatto Quotidiano. https://www.ilfattoquotidiano.it/2026/07/04/il-superbatterio-che-ha-conquistato-gli-ospedali-in-silenzio-ricostruita-la-storia-dellacinetobacter-resistente-agli-antibiotici/8439608/
Istituto Superiore di Sanità. (2025). AR-ISS: sorveglianza nazionale dell’antibiotico-resistenza — dati 2024, Acinetobacter species. https://www.epicentro.iss.it/antibiotico-resistenza/ar-iss-rapporto-acinetobacter-species
Istituto Superiore di Sanità — Epicentro. (n.d.). Antibiotico-resistenza: epidemiologia in Italia. https://www.epicentro.iss.it/antibiotico-resistenza/epidemiologia-italia
Castillo-Ramírez, S., Aguilar-Vera, A., Kumar, A., & Evans, B. (2025). Acinetobacter baumannii: much more than a human pathogen. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 69(9), e00801-25. https://doi.org/10.1128/aac.00801-25 https://doi.org/10.1128/aac.00801-25
Murray, C. J. L., Ikuta, K. S., Sharara, F., Swetschinski, L., Robles Aguilar, G., et al. (2022). Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: A systematic analysis. The Lancet, 399(10325), 629-655. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02724-0 https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02724-0
Agenzia Italiana del Farmaco (AIFA). (n.d.). Antibiotico-resistenza: report dell’ECDC sull’Acinetobacter baumannii. https://www.aifa.gov.it/en/-/antibiotico-resistenza-report-dell-ecdc-sull-acinetobacter-baumannii
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