#ginix — Public Fediverse posts
Live and recent posts from across the Fediverse tagged #ginix, aggregated by home.social.
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Beim #BeamlineLeben wird gedreht, gedreht, gedreht …
… mittlerweile haben sie einen 8 mm-Paraffin-Punch drin, d.h. 37 Messungen die dann später zusammengesetzt werden; 1,3 Tebibyte.
Das Ding passt gar nicht mehr komplett in die optischen Kameras zur Justage 🙈.
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Achtung Achtung, dies ist ein wichtiges Poster!
Ich wiederhole: tolle Tomografie, Nummer 195! -
Konstantin Strauss (HU
Berlin): Synchrotron X-ray based Comparison of Vibrissa Follicle
AnatomyGINIX-Daten, Röntgen-Tomografie von Vibrissen (a.k.a. Tast- oder Schnurrhaare)
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Yuri Rossi Tonin, U Göttingen, stellt aktuelle Ergebnisse von unserem 3D-Röntgenmikroskop vor:
„Coherent Imaging at the #GINIX Instrument using Waveguide Illumination“ -
Hier ein Beispiel aus unserer Workflow-Sitzung: Parallel Beam #Tomography at #GINIX
#HoToPy, #Python-basierte Prozessierung für holografischen #PhasenKontrast / #Röntgen-#Tomografie: https://journals.iucr.org/s/issues/2025/06/00/gui5007/index.html
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Zum #FotoVorschlag „gespiegelt“ hier ein Blick auf einen unserer zwei Spiegel, welche den Röntgenstrahl für unser 3D-Mikroskop #GINIX am #Synchrotron fokussieren.
Im Foto nicht erkennbar ist die elliptische Form der Oberfläche; auf Deutschland umgerechnet beschreibt der Spiegel eine Talmulde von ca. 100 Metern – mit einer Genauigkeit von etwa 3 Zentimetern poliert.
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Die #GINIX ist ein 3D-Röntgenmikroskop (im Foto gilt: „der Strahl kommt von rechts“). In dem Vakuum-Tank sind zwei Spiegel¹, um den Röntgenstrahl zu fokussieren; zentral der Probenturm, um (z.B.) eine Biopsie-Stanze im Strahl zu justieren und für die tomografischen Messungen zu drehen; links dann eine erste Position für Detektoren (und eine weitere fünf Meter weiter links, nicht im Bild). Mit Mikroskopen und der „crash-cam“ wird die Justange unterstützt.
¹ siehe auch https://troet.cafe/@sci_photos/115393784027205599
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Im April 2021 haben wir das 100. Experiment mit der #GINIX, dem Göttingen Instrument for Nano-Imaging with #XRays „gefeiert“ (Maske statt Champagner). Hier eine Übersicht der Laborbücher (kurz nach dem Umstieg auf #snip).
(Die Zählung war nicht immer ganz kanonisch, so gibt es neben run7 und run8 auch 7b und 8b, und mindestens einen pre-run21 oder wann das war. Also in der Summe sogar etwas mehr als 100.)
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„Das Bundesministerium für #Forschung, Technologie und Raumfahrt ( @bmftr_bund ) unterstützt die Forschung am Institut für #Röntgenphysik der Universität #Göttingen @unigoettingen in den kommenden Jahren mit insgesamt rund einer Million Euro. Mit rund 350.000 Euro kann das Röntgenmikroskop #GINIX am Deutschen Elektronen #Synchrotron ( @DESY ) in Hamburg weiterentwickelt werden. Weitere 650.000 Euro fließen in ein gemeinsames Projekt mit der Europäischen Synchrotronstrahlungsquelle #ESRF in #Grenoble.“
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Eine „Technik, die mich begeistert“ ist jedenfalls unser 3D-Röntgenmikroskop #GINIX @DESY, heute mal in einer anderen Ansicht zum #FotoVorschlag.
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Gleich beginnt die nächste Postersitzung beim #DESY Nutzerinnentreffen #UM25 – mein heutiger Beitrag:
"#FPGA Based Live-Reco for #Tomography: Preparing for 4th Generation Data Rates"
Mit dem Upgrade zum #PetraIV #Synchrotron erwarten wir eine rund hundertfach höhere Datenrate, speziell in der Parallelstrahl-#Tomografie an der #GINIX könnten es ca. 3 Petabyte täglich werden. Hier studieren wir eine Live-Rekonstruktion des Datenstroms mittels programmiererbarer Hardware.
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Mit Tools wie diesen (tomat0r, interner Name clickytomo) verbinden wir die einfache Konfiguration komplizierter hochdimensionaler Messungen (verschachtelte Schleifen zum Stitchen von 3D-Tomogrammen) mit der Speicherung von #Metadaten zur automatisierten Auswertung am 3D-#Röntgen-#Mikroskop #GINIX @ #DESY.
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HIer eine unserer jüngsten Arbeiten zu den Tasthaaren (Vibrissen), gemessen mit hochauflösender 3D-Röntgenmikroskopie:
Ca. 5 % der Nerven sind oberflächlich, 32 % unmyelinisiert und 63 % tief und myelinisiert. Eine Cluster-Analyse zeigte neue clubförmige Subtypen mit unterschiedlichen Eigenschaften. Die Nerven sind so angeordnet, dass sie gezielt Berührungen bei Vorwärtsbewegungen der Haare erfassen können.
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Die #P10-Beamline hat's innen Spiegel geschafft.
Leider nicht unsere #GINIX in der Strahlposition, sondern der „normale“ Aufbau:
#Zeitenwende crossover #BeamlineLeben
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A propos „sehr groß“: Im vergangenen Jahr haben wir erstmals über 100 #Terabyte „geschossen“ – allein an unserem #Röntgenmikroskop #GINIX am @DESY . Dazu kommen noch weitere Experimente an anderen Instrumenten, sowie an Laborquellen (nicht in der Grafik berücksichtigt).
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Achtung Achtung, hier ist 1 wichtiges Poster zur #Röntgen-#Tomographie, ich wiederhole: hier können Sie Ihre Lunge durch den Strahl drehen lassen!
#UM24 crossover #SciHorn meets @mosterh1 sein #Röntgenmikroskop #GINIX @ #PETRA3-#Synchrotron
Und hier habe ich mich mal drehen lassen: https://tube.tchncs.de/c/maxhorn/videos
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Michael Brecht zeigt #Synchrotron-#Tomografie von Nervenbündeln, einzelne Axone können aufgelöst werden.
#GINIX #UM24Fragestellung: wie werden sie Tast-Informationen von Schnurrhaaren an das Gehirn gesendet?
#Neuroscience #Nervenfasern #Röntgen #Bildgebung
(siehe auch die umfangreichen BiBeschs von GPT4)
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Und nun unser schnuckeliger Workshop zur #Röntgen-#Mikroskopie in 2D, 3D, 4D, …
#UM24 #Synchrotron #Tomografie #CT
#GINIX #DESY virtuelle #Histologie -
Dieser Gruß geht raus an alle Trötnasen!
Es gab 2×30 Minuten #Gewitter heute Nacht, mit recht starkem #Regen. Konnte kaum schlafen. Auch in Hamburg war wohl was los; das #Synchrotron ging kurz aus, aber es waren noch Leute vor Ort, das letzte Makro aufsetzen. Und das lief zum Glück auch ohne (erkennbare) Probleme durch.
In drei Minuten beginnt der Maschinentag, dann ist unser Messzeitblock vorbei und die #GINIX wird wieder in die Parkposition geschoben.
Habt einen schönen Tag heute!
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Here's a #photo (ultra-#wideangle #16mm), taken from within the #GINIX #Synchrotron #Experiment @DESY into the crowd of visitors.
On the left, Prof. Salditt explains the setup and the measurement scheme. In the bottom part, left of the yellow knob, is the sample tower; slightly left from the centre, parts of the #detector (blue camera labelled “PCO”) are visible; towards the rear, a big evacuated flight tube help the #XRays to reach the second detector bench.
Also, lots of #cables hang around.
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The #HIConference2023 by the #Helmholtz #Imaging Platform is coming to an end. Soon, the last talk will close, after the summary we'll have a networking lunch – and therefore also visit the #GINIX experiment currently receiving #XRays at the P10 beamline.
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Da die beiden Spiegel hintereinander stehen müssen, ist die Brennweite des ersten Spiegels durch die bauliche Größe des zweiten Spiegels limitiert; die Spiegel sollten aber „hinreichend“ lang sein, um (i) die numerische Apertur und die (ii) geometrische Akzeptanz (Fläche) zu erhöhen.
„Typische“ Werte (die wir an der #GINIX verwenden):
Wellenlänge ca. 0,1 Nanometer,
Brennweite 305 mm, 200 mm,
mittlerer Einfallswinkel 4 mrad (0,23°),
Spiegellänge 80 mm,
Apertur (320µm)²,
Fokusgröße (300nm)²7/N
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Logbucheintrag:
#STROMAUSFALL 09. Mai, gegen 23:10
haspp10wg Neustart: 10. Mai, 00:49
[also ca. anderthalb Stunden später]
[Screenshot 11. Mai]
PETRA III Status-Monitor:
main power station of #PETRA and #FLASH has failed on Wed at 23h.
Many electronic devices broke and had to be repaired.
Repairs still ongoing.
!!! Carefully check #beamline hardware !!!
Some beamlines experienced serious damages.
(OHS, [int. Telefonnummer])Darunter handschriftliche Eintragungen zum Status der #GINIX.
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#GINIX – das #Göttingen Instrument for #Nano-#Imaging with #Xrays
ist unser¹ #Röntgen-#Mikroskop am Hamburger #Synchrotron PETRA III beim @DESY.Seit 2011 fahren wir meistens zwei Mal im Jahr für jeweils einige Wochen zum Experiment, um (i) grundlegende Experimente zu wagen, (ii) die Bildgebungsmethoden zu verbessern und erweitern sowie (iii) hochauflösende Daten für unsere Kollaborationspartner zu gewinnen.
¹Arbeitsgruppe Prof. Tim Salditt,
https://www.uni-goettingen.de/saldittlab -
This week, we're setting up our X-ray microscope #GINIX @DESY; would you like to read some exciting toots about this?
Diese Woche nehmen wir wieder unsere Röntgenmikroskop GINIX am DESY in Betrieb; Lust auf Live-Berichterstattung?
#xray #tomography #microscopy #fluorescence #Röntgen #Tomografie #Mikroskopie #Fluoreszenz #scicomm
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Tim Salditt (http://twitter.com/SaldittLab, substituting Jasper Frohn): #Multiscale #Xray Phase Contrast #Tomography at #GINIX/P10: Concepts, Implementation and Applications
- fantastic collaboration with the P10 team
- directly comparing #STED to #Minflux; old #confocal? not worth mentioning 😂
- overview tomo, then zoom-in
- tumorous human pancreatic tissue #biopsy: quantify the #tumor type
- from electron density to metrics, quantify fibres etc.
- #hippocampus patho punch, #Alzheimer sample