#fasta — Public Fediverse posts

Тихо неправильные данные хуже упавшего скрипта

Скрипт, который упал, вы почините за пять минут. Скрипт, который отработал молча и выдал неправильный ответ, вы не почините никогда, потому что не узнаете, что он сломан. В работе с FASTA и FASTQ таких мест неприлично много. Почти все они когда‑то были задуманы как удобство. Вот три, с которыми я сталкивался чаще всего. Первое. Инструмент пишет FASTQ, а качества у записи нет. Вместо ошибки он подставляет строку из I . Файл получается валидный, парсер доволен, а фильтр по качеству дальше по пайплайну видит идеальные риды и пропускает всё подряд. Второе. R1 и R2 разъехались: один файл отфильтровали, второй забыли. На выходе абсолютно корректный FASTQ, просто риды спарены не с теми. Формат не нарушен ни в одном байте. Ни один валидатор не возразит. Третье. Определение Phred‑кодировки по образцу, который одинаково хорошо подходит и под Phred+33, и под Phred+64. Инструмент молча выбирает вариант. Иногда правильный. Общее у всех трёх одно: вместо ошибки вы получаете правдоподобный результат. И это худший из возможных исходов, потому что ошибку вы бы заметили. Полгода назад я начал писать fastx , библиотеку и CLI для FASTA/FASTQ на Rust. Основное решение в ней сформулировано так: там, где можно либо угадать, либо признать неоднозначность, признавать неоднозначность. Как это устроено

https://habr.com/ru/articles/1067930/

#rust #биоинформатика #fasta #fastq #парсинг #open_source #cli #cratesio

Removing newlines in FASTA file increases ZSTD compression ratio by 10x

https://log.bede.im/2025/09/12/zstandard-long-range-genomes.html

#HackerNews #FASTA #ZSTD #Compression #Newlines #Bioinformatics #DataScience

When manipulating #FASTA files with R, `seqinr` helps. It was not immediately obvious how to extract the information from the data structure that read.fasta() generates. To recover the headers:
```
lst_of_annot <- lapply(X=read_from_fasta, FUN=attributes)
headers_list <- lapply(X=lst_of_annot, FUN="[[", "name")
```
Further operations required a merge, where the `left_join` from the `dplyr` package was great, as it maintains row order.

https://cran.r-project.org/web/packages/seqinr/index.html
#R #seqinr #dplyr

Создание собственного API на Python (FastAPI): Подключаем фронтенд и статические файлы

Друзья, приветствую. Надеюсь, что вы ждали выхода данной публикации. На текущий момент, если вы следовали моим статья, то к настоящему моменту вы уже освоили: - Основы создания простого приложения с использованием FastAPI. - Основные HTTP‑запросы: POST, GET, PUT и DELETE. - Принципы работы с Pydantic моделями и их интеграцию в FastAPI. - Использование инструментов Alembic и SQLAlchemy для управления базой данных. - Настройку асинхронной работы с базой данных PostgreSQL в SQLAlchemy. - Реализацию кастомной авторизации и аутентификации в FastAPI. На данный момент мы уже умеем создавать достаточно функциональное API с приличным набором возможностей, но что дальше? Кто и в каких ситуациях ним будет пользоваться, ведь API пишется именно для этого.

https://habr.com/ru/articles/831386/

#fasta #fastapi_dependecies #javascript #html #css #jinja

Die Fahrradstaffel (#FaSta) der @PolizeiBerlin ist jetzt nur noch eine "Staffel"... 🤣
#DitIsBerlin https://www.berliner-zeitung.de/mensch-metropole/wegen-technischer-fehler-berlins-fahrrad-polizisten-ohne-fahrraeder-li.2205873

Äter linssoppa. Fastan är bruten. #fasta

Nu blev det premiärsimning, ungefär 500 meter på dag 8. #fasta #ketos

Det är ok och ta ett glas vin ibland #fasta

Jag misstänker att jag måste nog simma i morgon. #fasta

Det finns en dum grej med och fasta. Det är att man blir dum i huvudet. Det är tillfälligt, men irriterande. Särskilt när man försöker plugga. #fasta

Godmorgon! Dag nummer 7. #fasta

Ett extremt exempel på en extremt lyckad fasta kommer här, hämtat från mitten av 60-talet:
Angus Barbieri var en ung, tjock skotte. Han vägde över 200 kilo, men ville gå ner. Han kontaktade sjukvården och började fasta, under medicinsk övervakning. Vid fastans slut efter drygt ett år vägde han 82 kilo. Det enda han konsumerade under denna superfasta, förutom vatten, var salter/mineraler/vitaminer och lite jäst. Efter fastans slut var han permanent viktstabil. https://www.dietdoctor.com/se/att-fasta #fasta

Jag ställde en fråga till er följare i min story för två dagar sedan för att försöka känna av hur stor effekt folk har kring olika hälsogrejer.

Olika former av intermittent eller periodisk fasta är hett just nu men det som inte så många känner till är att forskningen på det här ursprungligen kommer från forskningen på […]

https://traningslara.se/hur-mycket-kan-man-forlanga-livet-med-fasta/

Adidas har precis startat ett riktigt bra initiativ inför muslimernas högtid Ramadan som börjar inom kort. Ett försök att hjälpa idrottande muslimer att kombinera torrfastan och träning för att prestera.

På adidasxramadan.se har de samlat berättelser från duktiga idrottare hur de hanterar månaden på bästa sätt när de ska kombinera torrfastan mellan […]

https://traningslara.se/artiklar-kring-traning-och-motion-under-ramadan/

Unsere Kolleg. der #FaSta & vom #A53 standen gestern vor #Schulbeginn in #Kreuzberg & kontrollierten sowohl die Geschwindigkeit, als auch die #Fahrradstraße.

Ins Netz ging ihnen u.a. ein frisierter Roller mit Fahrer ohne Helm, ohne Fahrerlaubnis aber auf Koks.
^tsm

Nu börjar min vikt falla så jag märker och samtidigt har jag slutat och bajsa. Kanske man ska satsa på en tarmsköljning? https://www.coloplast.se/urinblasa-och-tarm-/anvandarhandledning/vagledningar-om-tarmskoljning/ #fasta

Beziehe mich ja immer auf die Aussage von @holgi, der mal einen #FaSta Beamten nach Möglichkeiten des Feedback bei ungebührlichem Verhalten fragte: Bügelschloss -> Heckscheibe nicht, sondern anzeigen, dann bekommen die Halter mindestens Post und Feedback. #mdrza #fahrradalltag